genblastG安装

genblast是一个同源预测软件，嵌套了genblastA和genblastG两个程序，genblasta可以在基因组上在进行tblastn比对，并且对HSP进行整合和分组。genblastg根据genblasta的输出，对每一组HSP进行基因预测。

简单记录一下安装过程：

1.建立一个空目录用于存放genblastg相关文件

2.将程序包放在该目录下，可以用wget下载

$wget -c http://genome.sfu.ca/genblast/latest/genblast_v138_linux_x86_64

$tar -zxvf genblast_v138_linux_x86_64

这里下载的是1.38不带blast版本

3.下载blast-2.2.4，由于运行genblastg需要调用blast的blastall和formatdb，这两个程序只有老版的blast才有2

$wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/legacy.NOTSUPPORTED/2.2.24/blast-2.2.24-x64-linux.tar.gz

直接解压缩

4.添加环境变量

$export PATH='$PATH:/home/hzz/biosoft/blast-2.2.4/bin'

$export PATH='$PATH:/home/hzz/biosoft/blast-2.2.4/genblast'

5.添加软连接，相当于快捷方式，将blast程序中的blastall和formatdb以快捷方式添加到genblast目录下，方便调用

$ln -s /home/hzz/biosoft/blast-2.2.24/bin/blastall /home/hzz/biosoft/genblast

$ln -s /home/hzz/biosoft/blast-2.2.24/bin/formatdb /home/hzz/biosoft/genblast

6.测试运行

$genblast_v138_linux_i686

可以使用

使用方法详细看官方文档。