分析TCGA数据库的工具这么多,我就只服这一个!

众所周知,以TCGA数据库为主的大数据挖掘很火,通过数据挖掘我们可以发SCI文章(比如),也可以为申请基金提供思路(比如师兄最近在各地的讲座:),当然关于TCGA的数据挖掘,公众号上也介绍了很多工具(比如,,,等),依凡老师还专门为大家录制了数据挖掘的课程(单击文末链接购买查看)。

今天给大家介绍一个闻着伤心听着落泪的网站,分析TCGA数据的工具这么多,我只服这一个,让人不得不感叹,做肿瘤真好!

这个网站是新上线的一个网站:LinkedOmics,网址:http://www.linkedomics.org/ 主页打开后是这样的:

具体功能太强大,且听我慢慢道来。

首先大家需要先注册账户,在右上角,具体注册方法就不说了。注册后登录打开界面是这样的:

整个分析一共包括五步:

(1)选择肿瘤类型,一共收录了32个癌种的各个类型的数据,比如我们选择肝癌LIHC:

(2)选择数据类型,我们可以看到数据的类型有microRNA,SNP,甲基化,临床数据和突变,我们先演示microRNA的,所以选第一个:

第二步里面还有一个可选项目:样本类型,可以进一步对样本根据分子分型、分期等数据进行分析,打开是这样的:

可以进一步选择,我们在演示的时候就不选了。

(3)选择数据属性,可以选择具体的microRNA,我们以hsa-mir-125a为例:

(4)选择靶数据类型,同样我们可以选择前面的数据:

比如我们想看hsa-mir-125a与临床信息的关系,我们选下Data type为Clinical的选项即可。

(5)选择统计方法,一般会给出几个选项,比如这个:

选好后接下来就是分析了,

我们看一下:

单击View按钮:

就可以看到hsa-mir-125a与临床信息的关系了,比如生存分析、TNM分期、种族等:

当然,在第四步我们选择靶数据类型的时候,我们可以换成其它的数据,比如RNAseq的数据,我们来找一下hsa-mir-125a的靶基因:

统计方法我们选个spearman相关性分析:

提交后查看数据是这样的:

我们可以单击某个基因看hsa-mir-125a与该基因表达相关性,在下面有两张图展示的是与hsa-mir-125a表达正相关和负相关的基因热图,

我们挑选第一个基因MLXIPL进行搜索:

然后查看他们表达的相关性结果:

至于MLXIPL是不是hsa-mir-125a的靶基因以及在肝癌中的作用如何,大家就可以通过targetscan等软件预测并验证了。

当然,这里还有一个相关基因的功能富集,分别是ORA和GSEA:

我们选GSEA看看,

富集分析的选项包括了GO分析等:

我们选个KEGG pathway吧,提交后大家要等一下:

好了以后的界面:

结果可下载可查看:

好了,网站的功能还有很多,大家自己探索吧。

用好这个网站,文章基金神马的都不是事儿! 最后,大家用的时候记得引用文章:

LinkedOmics: analyzing multi-omics data within and across 32 cancer types.Nucleic Acids Res. 2017 Nov 9. doi: 10.1093/nar/gkx1090.

(0)

相关推荐

  • miRNA与基因互作数据库

    我们熟知,在特定情况下,microRNA(miRNA)可以直接或间接激活和抑制基因表达.但是,尚没有基于多组学的数据库能够证明对激活与抑制以及正常与癌症状况之间相互作用模式转换的系统数据.今天我们为大 ...

  • TCGA数据分析系列(二):LinkedOmics

    今天继续我们TCGA在线数据库系列.今天介绍的数据库是LinkedOmic,http://www.linkedomics.org/login.php可谓是航母级数据库,没有做不到的,只有想不到的.话不 ...

  • 老酒新装!6+miRNA纯生信也能这样做

    导语 今天和大家分享的是2020年12月份发表在Genomics杂志上的一篇文章(IF=6.205)"miRNA biomarkers for predicting overall surv ...

  • TCGA数据分析系列:LinkedOmics数据库

    今天继续我们TCGA在线数据库系列.今天介绍的数据库是LinkedOmic,http://www.linkedomics.org/login.php可谓是航母级数据库,没有做不到的,只有想不到的.话不 ...

  • 综述 | 澳大利亚联邦大学: 心血管疾病中非编码RNA的作用

    编译:思越,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 心血管疾病(CVD)主要包括高血压(HT),冠状动脉疾病(CAD)和心力衰竭(HF)等,是发达国家成年人发病和死亡的主要原因.交感神经 ...

  • microRNAs靶基因数据库哪家强

    microRNAs早就不再是科研热点,但毕竟还是遗留下来了不少数据,而且好歹是TCGA计划的多组学中的一环.在自己的研究增加miRNA的角度也是极好的, 通常大家有4个需求: 想知道自己感兴趣的一个或 ...

  • 点到就是赚到,一篇8.579的miRNA纯生信文章

    导语 今天和大家分享的是2020年10月份发表在Theranostic杂志(IF=8.579)的一篇文章"A panel of eight microRNAs is a good predi ...

  • 别人的膀胱癌ceRNA如何做出新花样?

    Identification of a potentially functional circRNA–miRNA–mRNA regulatory network for investigating p ...

  • TCGA多组学关联分析数据库

    之前我们介绍了很多TCGA方面的数据库.其中GEPIA只能用来分析表达数据库各个方面的.cBioPortal可以进行多组学分析,但是一般都是分析自身基因和自身突变等等的关系.至于CVCDAP分析的则是 ...

  • miRandola:细胞外循环miRNA数据库

    非编码RNA在调节各种生物过程中起重要作用,并已显示出作为基于组织分类和预后标志物的希望.在血清,血浆,唾液,尿液和其他体液中的细胞外非编码RNA与各种病理状况有关.非编码RNA以高度稳定的细胞外形式 ...

  • 一根网线和胃癌ceRNA的故事

    Cellular Biochemistry(IF:3.448)杂志上的一篇文章,"Identification of downregulated circRNAs from tissue a ...