喉鳞状细胞癌lncRNA和mRNA表达谱的综合分析

长链非编码RNA（lncRNA）在肿瘤发生中起重要作用。然而，喉鳞状细胞癌（LSCC）中lncRNA的表达模式和功能尚不清楚。为了研究晚期LSCC中异常表达的lncRNA和m RNA，通过lncRNA和mRNA整合芯片对9对原发性IVA阶段LSCC组织和相邻非肿瘤组织进行高通量检测。研究通过功能和通路富集分析， 发现差异mRNA参与的重要功能和通路。接着构建全局信号网络图和ceRNA网络，筛选出核心mRNA，而lncRNA-m RNA共表达网络识别lncRNA和mRNA之间的相互作用。 qRT-PCR进一步验证晚期LSCC中lncRNA和mRNA的表达。我们发现1459个差异lncRNA和2381个差异mRNA， 包括846个上调的lncRNA和613个下调的lncRNAs，1542个上调mRNA和839个下调mRNA。通过数据分析我们筛选出3个核心基因： ITGB1，HIF1A和DDIT4，它们主要参与生物过程，包括基质组织，细胞周期，粘附和代谢通路。 LncRNA-mRNA共表达分析显示LncRNA NR_027340，MIR31HG分别与ITGB1， HIF1A正相关。 LncRNA SOX2-OT与DDIT4呈负相关。 qRT-PCR进一步验证了这些lncRNA和mRNA的表达。这项工作提供了令人信服的证据，确定了lncRNA和mRNA是潜在的生物标志物，可用于晚期LSCC进一步研究。

参考文献

1. The Long Noncoding RNA lncTCF7 Promotes Self-Renewal of Human Liver Cancer Stem Cells through Activation of Wnt Signaling. Cell Stem Cell. 2016.

2. LncBRM initiates YAP1 signalling activation to drive self-renewal of liver cancer stem cells . Nature communication. 2016 .