基于实验的 ncRNA 靶点查询

miRTarBase

miRTarBase（http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php）也是一个基于实验基础的 miRNA 绑定基因查询数据库。不同于👆的那个数据库，这个数据库只能通过miRNA的输入来进行检索。同时，这个数据库还可以输入前体miRNA，例如：mir-122。

PS：前体和成熟体的区别在于一个是mir，一个是miR哈。

检索完之后，我们就能知道所有和mir-122相关的结果了，其中包括人类和老鼠的结果，同时也能看到miRNA的靶标以及做的是什么实验。

点击具体的ID之后，我们可以看到详细信息：

  1. miRNA相关的信息，包括前体和成熟体的信息。

  1. 目标基因的信息以及预测到的结合位点。

  1. 相关文献的证据。

  1. 在多个数据集里面表达的miRNA和mRNA表达的相关性，其中包括GEO和TCGA。

  1. miRNA相关的网络图

LncTarD

上面两个我们介绍的是 miRNA 相关的实验查询，下面这个则是和 lncRNA 有关的实验结果的查询。LncTarD（http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/LncTarD/）是一个基于实验基础的预测 lncRNA 靶标及其功能的数据库。这个数据库的使用，和👆的那个一样，也是输入想要查询的 lncRNA 即可。这里我们搜索: HOXA11-AS。

通过检索，我们就可以看到得到和这个lncRNA相关的结果了，是以表格的形式呈现的。

我们点击某一个相互作用的Details，就可以看到更加详细的信息。主要包括：

  1. 详细的证据描述

  1. 现在的一些数据库吧，如果不放点儿TCGA的分析，可能觉得跟不上趟，所以就肯定有了和这个 lncRNA 和目标基因在 TCG A当中的差异分析的结果。

  1. 两个基因在TCGA数据库当中相关分析的结果。

不过呢。。。这个数据库使用的是两个基因原始的TPM数据来进行相关分析的。但是原始TPM的数据是偏态的（看下面的散点图就可以看出来），这样使用Person的话，其实是不适合的，所以结果还是不一定准确的，仅供参考吧。最好还是要么参考 GEPIA2 对数据进行转化成 log2（TPM+1）然后进行相关分析,要么看一下数据的Spearman分析的结果。

数据库总结

对于这类总结已经发表的文献的数据库，其实最重要的还是更新的速度，毕竟总结的都是既往发表的文献嘛。如果这样的数据库知识在发表的就更新一次，那过一些时间数据就太老了，也就没有很大的使用价值了，但是至少 miRTarBase 和 TarBase 一直在更新的，所以也还好。至于 LncTarD 由于是今年刚刚发表的，所以就算不更新，那两年之内应该也是可以使用的。

好了，今天就到这里。如果对你有帮助记得分享一下的哦！

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