健康菌群对于预防和治疗自身免疫性疾病的绝对必要性
我们以为完全了解自己的身体，了解我们身体的每一个器官和系统。然而，最近十多年里，我们在人体内发现了一种新的器官，它控制着我们健康的各个方面，那就是我们的肠道菌群。肠道菌群不仅仅是消化食物的关键，它还是整个身体的控制中心。尽管这个说法听起来难以置信，但这就是事实。
肠道菌群是当今医学研究最热门的话题，几乎每天都有新的发现。我们现在知道，我们每个人都有一个独一无二的肠道菌群，由数以万亿计的细菌组成。我们所携带的微生物可重达2公斤，它们的数量远远超过人类自身细胞数量，它们所编码的基因数量是人类自身基因的近150倍。肠道菌群参与合成维生素、调节新陈代谢和血糖、影响基因表达和大脑化学。肠道向大脑传递的信号控制着大脑对压力的反应、大脑激素的产生、大脑免疫系统的激活、新的脑细胞的生长（神经发生）和这些新细胞对学习的适应性（神经可塑性）以及其它功能。
肠道菌群对于免疫系统的发育也至关重要，我们整个免疫系统的70-80%存在于肠道中，肠道菌群是肠道免疫系统运作的调节器或控制器。肠道细菌与肠道免疫系统协同工作，共同促进我们的健康，但是一旦失衡，就可能引发疾病。我们每个人都有一个独特的肠道菌群，它受到遗传、环境和饮食选择的影响。肠道细菌和免疫细胞之间有着密切的联系和信息交换，这是控制入侵者的第一步。
现代医学之父希波克拉底在2000多年前就说过“万病始于肠”，当时并没有引起大家的重视，但是现在越来越多的研究告诉我们，他说得有多正确。肠道菌群组成可以帮助我们形成健康的免疫反应，也可以使我们更容易患病。当我们的肠道菌群得不到良好的喂养和照顾时，有害细菌可能开始占据优势，使我们更容易患上慢性疾病。当肠道菌群失衡时，有害细菌过度生长，这可能导致肠道通透性增加和引发全身性炎症，从而增加自身免疫性疾病的风险。确实，许多自身免疫性疾病患者的肠道菌群出现了严重的失衡。
正如我们在前面说过的（参阅：自身免疫性疾病的罪魁祸首：遗传易感性、环境诱因和肠漏），基因并不能预测疾病，它们能识别出你身体链条中可能出现疾病的薄弱环节，但是是否发病还取决于环境。肠道微生物可以通过表观遗传影响我们自身的基因表达。不平衡的肠道菌群会作为一个环境诱因拉动身体链条，所以无论你的薄弱环节在哪里，这一环节就会断裂，让你很容易出现健康问题。这并不是说你携带有疾病易感基因就注定要患上这样那样的疾病，而是说如果增加的炎症过度拉扯这个链条，你的薄弱环节才会显现出来。更重要的是，不平衡的肠道菌群所导致的炎症环境，可能最终成为压垮骆驼的最后一根稻草，造成肠漏，这可能使得一些未完全消化的食物大分子通过肠漏进入血液，触发免疫反应。
表观遗传学控制着我们的基因如何表达自己，肠道菌群是表观遗传表达的主要驱动力，这是我们每天面对的最大的环境诱因。人类作为地球上的优势物种，其基因结构却非常简单，只有大约2万多个基因，这一数量远远低于预期，其数量与线虫的基因数量相当，甚至远小于水稻的基因数量。为什么作为高等动物的人类，其基因复杂程度还不如某些低等动物甚至水稻呢？那么，我们的复杂性是从哪里来的呢？那就是我们的肠道微生物的基因组。人类基因组是固定的和最基本的，我们不能改变它们。然后，我们的肠道微生物所编码的基因数量比人类基因组多100-150倍。基因控制着我们的生理功能，这意味着肠道菌群对我们日常功能的影响是人类基因组的100-150倍。
许多影响肠道菌群的因素也正是增加自身免疫性疾病风险的环境诱因，这也表明了肠道菌群在自身免疫性疾病的发生和治疗中的重要性。
饮食、肠道菌群失衡和自身免疫性疾病
当肠道内的好细菌和坏细菌达到适当的平衡时，它们就被描述为处于一种共生状态。而当有益细菌缺乏或有害细菌过度生长时，肠道菌群会出现失调，这是肠道和全身炎症的主要来源。肠道菌群组成受到环境因素的高度影响，其中影响最大的就是饮食选择，因为肠道细菌会以我们吃进去的任何东西为食。
由于现代社会不健康的饮食习惯和久坐不动的生活方式，我们大多数人的肠道菌群都不健康。我们所吃的食物深刻地影响着我们所携带的肠道菌群的类型及其行为。这反过来影响我们燃烧和储存卡路里的方式，决定我们产生的神经递质的数量，而神经递质反过来控制我们的情绪、行为以及患神经精神疾病的风险。
我们身体里的每个细胞都在自我繁殖，有些细胞繁殖迅速，有些则相当缓慢。我们体内生长最快的细胞是我们的肠道细胞，每3-7天就更新一次，这就像蛇蜕皮一样，新的细胞很快就会取代旧的细胞。这些细胞繁殖所需要的能量是丁酸等短链脂肪酸。
丁酸是肠道有益细菌代谢膳食纤维所产生的代谢物。如果我们没有摄入足够的膳食纤维或者没有合适的肠道菌群，就不会产生足够的丁酸。这也是我们应该多吃蔬菜的一个重要原因，它们为我们的肠道有益细菌提供营养，使其能够产生足够的丁酸。
如果没有足够的丁酸，肠道细胞仍然会繁殖，每天仍然会制造新的细胞，但是由于没有足够合适的原料，就如同盖房子不是用砖块而是用稻草一样，你的细胞会变得很脆弱，这容易导致肠道炎症和肠漏。然而，适当数量的丁酸可以帮助：（1）构建强壮、健康的肠道细胞，使其有更好的机会正常运作；（2）允许肠壁细胞和肠道免疫细胞保持冷静，随时准备在需要时进行保护；（3）减少炎症，这是导致自身免疫性疾病发生的一个主要诱因。用“稻草”而不是“砖块”构建的肠道是不结实的，很容易受到破坏，很容易发生肠漏。
还记得我们前面提到的自身免疫性疾病发生的三大诱因吗？其中就包括肠漏。这正是食物选择变得重要的地方。我们所吃的食物是决定是否能够产生足够丁酸的主要因素，如果能够产生足够的丁酸，我们就可以帮助修复肠漏，减少自身免疫性疾病的发生风险。
自身免疫性疾病在现代社会变得越来越普遍了，因为我们的饮食严重损害了我们的肠道菌群。2010年意大利的一项研究中，研究人员比较了非洲部落儿童和欧洲儿童的粪便样本，发现了巨大的差异。非洲部落的孩子们仍然像他们的祖先一样吃东西，他们最终不会患上我们最常见的过敏、哮喘和湿疹以及自身免疫性疾病，比如类风湿性关节炎、牛皮癣或多发性硬化症。其区别就在于肠道菌群。非洲儿童拥有更多的有益细菌和有限数量的有害细菌，而欧洲儿童则完全不同。非洲儿童的肠道菌群使他们能够最大限度地从膳食纤维中摄取能量，产生较多的丁酸，保护他们抵御炎症。欧洲儿童肠道内的厚壁菌门细菌增加了四倍，而非洲儿童具有较高丰度的拟杆菌门细菌，这是健康肠道菌群的重要组成部分，对自身免疫性疾病的易感性较低。
抗生素、肠道菌群失调和自身免疫性疾病
肠道菌群失调也可以由药物引起，主要是抗生素的使用和滥用。有趣的是，自身免疫性疾病的流行似乎与抗生素的应用是同时发生的。服用抗生素就如同向我们的肠道菌群扔了一颗炸弹，它会破坏或摧毁途经的一切，包括有益和有害的细菌。随着时间的推移，有些细菌会对抗生素产生耐药性，特别是有害细菌，导致肠道菌群失衡并引发全身性炎症。
抗生素在医学上确实有其重要的意义，它们能有效地治疗细菌感染，很多时候能够挽救我们的生命。但是当它们被过度使用时，会造成更多的问题，因为它们会杀死所有的细菌，不管是好的还是坏的。
不幸的是，在过去的三四十年里，医学界和传统农业都过度使用了抗生素，这导致了我们肠道中的有益细菌大量减少，有的甚至完全消失。我们70-80%的免疫系统位于肠道中，我们抵御感冒、流感、病毒、癌细胞等的主要保护来自于肠道中自然存在的有益细菌。当我们使用抗生素去抵御感染时会进一步减少有益菌群，炎症就会加剧，肠道通透性增加，我们反而会面临更高的感染和疾病风险。确实如此，那些使用抗生素越多的人，反而越容易感染。
我们所有人都会接触到抗生素，无论是处方的还是非处方的。现代养殖业会在猪、牛、鸡等动物饲料中添加抗生素使它们更强壮，抗生素会残留在肉类产品甚至蔬菜和我们的供水系统中。这也是为什么我们认为健康的食物变得对我们不健康的另一个原因。
抗生素的另一个问题是它们刺激了生物膜的产生，这是一种细菌用来保护自己的方式，这使得致病性细菌对抗生素的抵抗力提高了上千倍，生物膜可以阻止抗生素接近细菌。这也是超级细菌或抗生素抗药性细菌产生的方式之一。如果一个细菌有很强的生物膜，可能需要100倍标准剂量的抗生素才能杀死它。这就是为什么你可能会比以前服用更多的抗生素来抵抗感染的原因。我们体内本不应该存在的细菌存在时间越长，生物膜就越有可能形成。
压力、肠道菌群失调和自身免疫性疾病
最后，肠道菌群失调可以由压力引起，从污染物、化学品、辐射、低品质和营养不良的食物等环境压力到我们日常生活的压力。压力已经成为我们生活中根深蒂固的一部分，难怪我们的肠道菌群一团糟。压力也会是我们的免疫系统紊乱，引发或加重自身免疫性疾病。
肾上腺是我们抵抗压力的第一道防线，无论我们面对的是化学压力、情绪压力还是生理压力，肾上腺都能让我们以一种健康的方式做出反应，它们负责决定何时激活“战斗或逃跑”反应。我们的身体有两个不同的神经系统：副交感神经系统和交感神经系统。当我们处于压力模式时，“战斗或逃跑”反应就会发生，我们的交感神经系统就会被激活。
我们的祖先只是偶尔暴露于极端的压力下，然而现代社会的我们几乎每天都在紧张的生活中，我们大部分时间都处于交感神经系统支配的状态，我们身体的每一个系统都表现出类似交感神经系统支配状态下的救生和保护反应。但是我们不应该一天24小时都这样生活。
在我们今天疯狂的生活方式中，我们承受着巨大的压力，几乎一直处于交感神经系统支配的状态，使我们的身体疲惫不堪，并产生持续的压力反应。在对死于疾病的人进行尸检发现，肾上腺完全被过度使用，萎缩到只有花生大小。然而，对死于外伤（比如车祸）但没有疾病的同龄人群的尸检发现，他们的肾上腺有核桃那么大。萎缩到只有花生大小的肾上腺如何应对我们疯狂的生活压力呢？它们不能。这就是为什么我们不能很好地对压力做出反应的原因，我们已经把压力反应系统弄得筋疲力尽了，而这可能在我们身体链条的薄弱环节表现出来。
持续的压力导致肾上腺过度疲劳，这会影响我们的身体，导致疾病的发生。研究人员使用老鼠做了这样一个实验，一只老鼠过着正常的生活，而另一只老鼠则不停地跑步或游泳直到筋疲力尽。结果是，正常的成年老鼠的大小是压力老鼠的两倍，它有漂亮的皮毛，而受到压力的老鼠只有它的一半大小，它会生病而且更早的死亡。
正常的肾上腺反应是交感神经系统支配的。当“战斗或逃跑”反应日复一日地发生时，我们的肾上腺就会进入肾上腺疲劳状态，而它们的反应就不那么彻底了。当“战斗或逃跑”反应持续时，我们就会从肾上腺疲劳变为肾上腺耗竭，很难引起适当的反应。当“战斗或逃跑”反应继续下去时，我们就会进入肾上腺衰竭的状态，无法做出反应。现在，我们所面临的压力不能通过我们的压力激素来缓解或扩散，它会全力打击我们的身体。这意味着，当我们的生活充满压力，我们的肾上腺已经筋疲力尽，另一个器官不得不接管来处理每一种特定的压力。对一些人来说，甲状腺可能接管，但是随后甲状腺的负担可能开始加重，造成一系列的问题。
我们应该生活在副交感神经支配的状态，然而，由于我们今天的生活方式，我们一直生活在交感神经支配的状态下。我们在日常生活中一直保持警惕，以至于大多数人，尤其是那些被诊断出患有自身免疫性疾病的人，肾上腺会从疲劳到耗竭再到衰竭。结果就是压力更猛烈更频繁地冲击着我们。如果没有恢复副交感神经支配状态的机制，我们就会变得非常容易患病。
那么，是什么器官在控制着我们的身体对生活压力做出反应的整体关系呢？你可能会认为是肾上腺，然而，现在越来越多的研究表明，肠道菌群可能在其中发挥重要作用。肠道菌群会通过神经、免疫和内分泌途径向大脑发送信号，指示下丘脑如何对感知到的压力做出反应。下丘脑会告诉脑垂体哪些压力应该优先考虑，然后脑垂体发送信息告诉各个器官应该产生哪些激素。
比如，你今天有一场很重要的考试，你特别紧张，有一种胃下沉的感觉，你浑身是汗，脉搏加快。在你体内，一个健康的肠道菌群开始行动，它向下丘脑发送信息，下丘脑向脑垂体发送信息，脑垂体向肾上腺发送信息，使其产生更多的糖皮质激素。糖皮质激素的增加会提高你的警觉性，缓解你的紧张感，这样你就能为接下来的考试做好准备。当你在考试时，你会注意到那种胃下沉感消失了，你的肠道菌群也不再发出压力信息，因为你已经对压力做出了反应并采取了适当的行动。然而，如果你的肠道菌群失衡了，那么你的焦虑感可能不会消失，甚至可能在你考试的时候增加。事实上，当你没有合适的肠道菌群时，你的压力反应的严重程度可能要高很多。我们可以通过降低压力水平来降低肠道通透性。
压力激素会削弱和破坏肠道内壁，导致肠漏。当肠道通透性增加时，肠道内的脂多糖会进入血液循环，刺激更多的免疫细胞，而这些细胞又会将信息传回大脑，从而产生更多的压力，激活免疫反应并产生更多的炎症。
患者通常被告知不要给自己太大的压力，但是我们不可能在一夜之间减轻生活中的压力，我们都有各种生活和工作的压力。如果我们好好地计划，随着时间的推移，我们可以减少生活中的压力。然而，肠道菌群参与调节我们的压力反应，我们可以通过维持健康的肠道菌群，这样当压力发生时，我们就能更好地应对。如果我们的身体更健康，也就能更有效地管理压力。
脂多糖（LPS）是一些有害细菌的细胞壁组分，它也是导致我们发病的环境诱因之一，它不像那些来自食物中的环境诱因，它已经存在于我们的身体，主要存在于肠道中。如果它们能够留在肠道内，通常不会造成问题，但是如果发生肠漏，LPS就会穿过肠壁进入血液，那么问题就来了。
LPS是被研究最多和不健康的肠道菌群中最具破坏性的方面之一。健康肠道菌群的一个基本特征是能够产生细菌素和酶来消灭有害细菌，可以保护我们免受LPS的伤害。当我们失去了肠道菌群中有益细菌的保护优势，事实上我们几乎所有人由于现代的饮食和生活方式都失去了这种优势，有害细菌大量增殖，可能产生更多的LPS。此外，由于不健康的食物选择、抗生素滥用以及压力等因素导致肠道菌群的不健康，也可能破坏我们的肠壁，导致肠漏，大量的LPS会进入血液引发身体无法承受的炎症，然后就会引发全身性的炎症级联反应。当LPS进入血液时，它会在血液中循环。如果它在大脑中沉积，就会引发大脑炎症；如果它在关节沉积，就会引发关节炎症。没有任何器官或组织可以对LPS的作用免疫，它与许多慢性疾病有关。LPS也会增加自身免疫性疾病的风险。养成健康的饮食和生活习惯，维持健康的肠道菌群，对于预防和治疗自身免疫性疾病是绝对必要的。