学徒作业-hisat2+stringtie+ballgown流程 / 开普饭

注:同时支持 Windows 和 MacOS. 写在前面前述,我已经写了两个 TBtools 插件,实现了在纯粹的WIndows环境下(非虚拟机,非WSL),使用 Hisat2 进行基因组索引构建以 ...

写在前面目前基因组测序和组装成本几乎已经到任何一个课题组都可以单独负担的价码,大量物种的基因组序列被测定和释放.与此同时,对应的基因结构注释信息文件,如GTF或GFF3文件等,也可公开下载. 对于绝 ...

写在前面早前,我已经通过插件的方式,让所有 TBtools 用户,都能完成 RNAseq 数据分析,从测序原始数据到基因表达量,使用的是一个曲线救国的策略,即直接使用 kallisto,跳过读段回帖 ...

葡萄的参考基因组下载自NCBI,下载链接是https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/003/745/GCF_000003745.3_12X/ 基 ...

最近我们的学徒作业,都是以公众号推文的方式发布出来,希望更多人加入一起学习,前面两次的作业是: 写一个函数把基因集,写出成为gmt文件.详见:GSVA或者GSEA各种算法都是可以自定义基因集的自行读 ...

Agilent的芯片同样也是扫描得到图片,然后图像处理(主要是Agilent Feature Extraction (AFE) 软件)得到信号值,但是值得注意的是这个时候有两个信号值矩阵,分别是:th ...

发表在Cancer Management and Research的简单数据挖掘杂志:Apolipoprotein C1 (APOC1) promotes tumor progression via ...

看到发表在 Cell. 2020 Mar 4. 的文章的研究项目里面有 4个10X样本,题目是:Complement Signals Determine Opposite Effects of B C ...

昨天我在生信技能树发布了一个学徒作业:在CCLE数据库里面根据指定基因在指定细胞系里面提取表达矩阵 , 真的是非常简单,只需要下载CCLE数据库的RNA-seq表达矩阵,然后在R里面根据指定基因在指定 ...

不知道多少人看完了全网第一个单细胞课程(免费基础课程),免费学习地址在B站:https://www.bilibili.com/video/av38741055 而且完成结业考核20题:https:/ ...

我喜欢把TCGA数据库的应用划分为8个领域: 1.探索各类肿瘤不同临床特征(性别.年龄.种族.临床分期)的预后(生存曲线) 2.探索各类肿瘤与对照的单个分子(mRNA,lncRNA,miRNA,甲基化 ...

我喜欢把TCGA数据库的应用划分为8个领域: 1.探索各类肿瘤不同临床特征(性别.年龄.种族.临床分期)的预后(生存曲线) 2.探索各类肿瘤与对照的单个分子(mRNA,lncRNA,miRNA,甲基化 ...

文章数据分析流程图如下: 任务如果你有R代码基础,那么你可能需要阅读我在生信技能树的甲基化教程列表: 01-甲基化的一些基础知识.pdf 02-甲基化芯片的一般分析流程.pdf 03-甲基化芯片数据 ...

学徒作业-hisat2+stringtie+ballgown流程