生信技巧第5课-生信人必须安装的软件
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不知不觉就第5讲了,本次视频没有干货,只是为了保证入门系列视频的完整性而录制的,没啥事就不用看了,反正你需要安装一些软件就可以了。
本期视频,//v.qq.com/x/page/j066458x9yp.html
电脑要求
最低配置是8G内存+0.5T硬盘,系统可以是ubuntu等linux系统,或者Windows里面安装虚拟机,或者 MAC,并且一定要安装好 xshell,winscp,everything,notepad++,git或者同等功能的软件:
下载并且安装好perl https://www.activestate.com/activeperl/downloads
miniconda https://conda.io/miniconda.html
R https://cloud.r-project.org/
rstudio https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/
Xshell https://www.netsarang.com/products/xsh_overview.html
winscp https://winscp.net/eng/docs/lang:chs
Windows10系统可以直接启动ubuntu,自行搜索教程如何开启,如果是低版本的Windows系统,自行搜索教程安装虚拟机。
当然,作为生信人必须得有服务器的,可以考虑:古有杨志卖刀,今有jimmy售器 (点击购买体验生信服务器哈)
生信软件安装及使用
(官网,例子,conda)
多版本软件发布:NCBI的 blast以及sratoolkit 等等 二进制软件(预编译版本):下载即可使用 C源码软件:官网,readme,安装,解决配置文件及报错 系统软件中心:ubuntu的用apt-get,centos的用yum,macOS的App Store或者brew 成熟的软件管理中心:conda
保证一个纯粹的新手,生物学的本科生,经过3个小时的折腾,达到熟悉linux的命令行界面,学到软件的安装及管理的方法。为组学实战演练打下基础。
预告一下,最近我们生信技能树团队会出品 软件安装一网打尽 的教程,敬请期待,希望可以帮助你解决日常学习工作中的软件安装问题。
当然,还有很多其它提高生产力工具的, 因为不局限于生信,我这里就不一一讲解了。
一头小山羊站在屋顶上,远远地看见狼从屋底下走过,便谩骂:“你这千刀万剐的东西,你怎么还没有被狮子吃掉!哈哈,你上来啊!”
狼说道:“啊,伙计,我还没有学会爬房子。可是我要提醒你,你能骂我不是因为你自己,而是因为你站在房顶上。”
——《伊索寓言》