北大谢晓亮组又更新了他们的单细胞全基因组扩展方法
最近看单细胞相关文献比较多, 所以朋友们也开始帮我留意相关的进展了,其实单细胞本身只是一个测序技术,可以利用在不同的组学研究里面,目前就是转录组和基因组的测序应用单细胞技术比较多。
其中基因组的单细胞之前比较流行的是3种单细胞扩增技术MDA,MALBAC, DOP-PCR,全称分别如下:
degenerate oligonucleotide– primed polymerase chain reaction (DOP-PCR)
Multiple-displacement amplification (MDA)
Multiple annealing and looping-based amplification cycles (MALBAC)
其中,MALBAC就是北大谢晓亮组开发的,今年(2017)的3月,他们又更新了他们的单细胞全基因组扩展方法,Transposon Insertion (LIANTI)
主要就是设计了一个叫做LIANTI transposon的东西,本质上就是个转座子(含有Tn5),可以随机插入到基因组的任何地方,但是它有一个小特点,就是自带T7 promoter,这样被LIANTI transposon插入的片段都可以被转录啦!
Genomic DNA fragments tagged by T7 promoters are linearly amplified into thousands of copies of RNAs through in vitro transcription, followed by re- verse transcription and second-strand synthesis into double-stranded LIANTI amplicons ready for DNA library preparation.