【直播】我的基因组53:几个找变异的软件的效果比较

随便找一个SNP-calling的综述就可以找到一大堆软件的评价,我这里强烈推荐A survey of tools for variant analysis of next-generation genome sequencing data  : http://bib.oxfordjournals.org/content/15/2/256.short

如果你在找变异这一个知识点还很模糊,甚至可以花点时间来翻译一下,同时欢迎大家交流自己的学习心得(http://www.biotrainee.com/thread-109-1-1.html 论坛回帖即可)

我很早以前处理外显子数据的时候,就比较过几个软件的找变异的效果,这里就继续沿用上次的思路!

我比较了gatk,freebayes,bcftools,varscan,都是引用率比较高的而且经受了时间的考验的好软件。

【直播】我的基因组(四):计算资源的准备

它们的下载安装方法是:

  1. ## Download and install bcftools

  2. ## http://www.htslib.org/download/

  3. ## http://www.htslib.org/doc/bcftools-1.0.html

  4. cd ~/biosoft

  5. mkdir bcftools && cd bcftools

  6. wget https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.3.1/bcftools-1.3.1.tar.bz2

  7. tar xvfj bcftools-1.3.1.tar.bz2

  8. cd bcftools-1.3.1

  9. make

  10. cp bcftools /home/jianmingzeng/biosoft/myBin

  11. ~/biosoft/myBin/bin/bcftools --help

  12. ## Download and install freebayes

  13. ## https://github.com/ekg/freebayes

  14. ## http://clavius.bc.edu/~erik/CSHL-advanced-sequencing/freebayes-tutorial.html

  15. cd ~/biosoft

  16. mkdir freebayes && cd freebayes

  17. ## wget -O freebayes-master.zip https://codeload.github.com/ekg/freebayes/zip/master

  18. ## unzip freebayes-master.zip

  19. wget http://clavius.bc.edu/~erik/freebayes/freebayes-5d5b8ac0.tar.gz

  20. tar xzvf freebayes-5d5b8ac0.tar.gz

  21. cd freebayes

  22. make

  23. ~/biosoft/freebayes/freebayes/bin/freebayes

  24. cd ~/biosoft

  25. ## https://sourceforge.net/projects/varscan/files/

  26. ## http://varscan.sourceforge.net/index.html

  27. mkdir VarScan && cd VarScan

  28. wget https://sourceforge.net/projects/varscan/files/VarScan.v2.3.9.jar

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