撰文|王聪编辑|nagashi排版|水成文人类和其他哺乳动物一样,身体被包括细菌、病毒和真菌在内的数万亿微生物占据,这些微生物被统称为共生菌群。从某种意义上来说,“人”是一个由人体和共生菌群的多元复合体。人体肠道内寄生着大量细菌,这些肠道菌群的失衡,影响着人类肥胖、肠炎、自身免疫疾病、对癌症治疗药物的反应,甚至影响人类寿命等等。因此,有必要了解人类的肠道细菌以及感染这些细菌的噬菌体在人类健康和疾病中的作用。2021年2月18日,世界上最著名的基因组测序研究中心之一的Wellcome Sanger研究所的 Trevor D. Lawley 等人在 Cell 杂志发表了题为:Massive expansion of human gut bacteriophage diversity 的研究论文。研究团队通过挖掘全球范围内28060个人类肠道宏基因组和2898个培养的人类肠道细菌基因组,建立了一个包含约142809种噬菌体的肠道噬菌体数据库(GPD),其中一半以上是之前从未发现过的新型病毒。这项研究建立了迄今为止最大最全面的人类肠道噬菌体数据库,为更好地了解病毒在肠道微生物组中的作用铺平了道路,还有助于发现治疗耐药细菌感染的新方法。
研究团队表示,这项研究有着严格的质量控制流程,加上运用机器学习方法,因此能够最大程度减轻污染并获得高度完整的病毒基因组。这一高质量的病毒基因组为更好地了解病毒在肠道微生物组中的作用铺平了道路,有助于发现新的治疗方法,例如使用噬菌体作为抗菌剂,消灭耐药性细菌。2019年5月,Nature Medicine 杂志就曾发表论文,一名感染了罕见结核分枝杆菌的小女孩,在奄奄一息、走投无路的情况下,接受了经过工程改造的噬菌体疗法,噬菌体成功消灭了感染她的细菌,将她从死神的镰刀下拉了回来。