smart-seq2和10x技术的5大差异

Smart-seq2和10x这两个单细胞技术是现在初学者进入单细胞领域最需要掌握的，它们代表着单细胞的两个全然不同的发展策略。

绝大部分的技术原理介绍会从 单细胞悬浮液制备到测序细节面面俱到，其实并不那么的初学者友好，最近有粉丝在公众号后台留言说他们的博士课程有一个思考题是：简要概述smart-seq2和10x技术的单细胞差异。

然后他给大家推荐了一个高度精炼的综述，这个综述于2020年9月发表在 《Experimental & Molecular Medicine》杂志，标题是：《Single-cell sequencing techniques from individual to multiomics analyses》，链接是：https://www.nature.com/articles/s12276-020-00499-2

五大差异

可以看到，smart-seq2技术依赖于C1这个仪器，每次都是96个细胞一起测序，每个细胞的测序量这个综述可能是写错了，应该是1M-10M为佳，不太可能是100-1000个M，最重要的是它是整个RNA分子的全长测序，每个细胞都是独立的测序。

但是10X呢，每次可以测好几千的细胞，每个细胞只需要5-10K的reads，而且仅仅是测RNA分子的一段即可，全部的细胞都混合在一起，虽然说有barcode可以区分。

这样的基础认知，也可以看基础10讲：

最基础的往往是降维聚类分群，参考前面的例子：人人都能学会的单细胞聚类分群注释

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