BMC Biology | 健康人群与疾病人群上呼吸道的微生物组 / 开普饭

推荐：江舜尧

编译：艾奥里亚

编辑：小菌菌

格拉茨医科大学（Medical University ofGraz）Christina Kumpitsch等人于2019年11月7日在BMC Biology上发表题目为《The microbiome of the upper respiratory tract in health and disease》的文章。Christine Moissl-Eichinger担任该研究通讯作者。该综述的目的是通过总结上呼吸道微生物群的研究现状，探讨了相关方法学问题（如取样方法、取样部位等），揭示细菌组成、免疫系统和某些疾病之间的联系，了解常用治疗方法对上呼吸道微生物群的影响，为找出目前我们认识的空白提供理论基础。

文章摘要

人类微生物群是一个复杂的微生物群落，这些微生物与人类生活的环境息息相关。由于微生物的生态位特异性，微生物的组成和功能因人体部位（如胃肠道、皮肤和呼吸道）的不同而不同。人类上呼吸道(URT)为微生物定殖提供了多种生态位。定殖的微生物群落的形成取决于其内部特定位置的不同特征，同样也取决于与外部和内在因素(如衰老、疾病、免疫反应、嗅觉功能和吸烟等生活习惯)的相互作用。本文中总结了目前关于URT微生物群在健康和疾病方面的了解，讨论方法学问题，并考虑鼻腔微生物群用于医学诊断和作为治疗目标的潜力。

总结与展望

对URT微生物群的研究已经揭示了其动态生态位特异性组成、微生物与宿主的免疫、嗅觉和化学感觉系统之间的相互作用，以及与年龄、生活方式和疾病相关的变化。然而，相关领域的研究仍处于起步阶段。目前关于URT微生物群的多数认知都是基于培养试验，其针对的仅是一小部分可培养的微生物群落，或通过16S rRNA测序对样本中的微生物进行测序研究。这些研究提供了关于细菌群落的多样性和分类学组成的基本信息。随着技术的发展，Oxford Nanopore以及Pacific Bioscience (PacBio)技术允许在种水平上进行更加精确的分析，同时相关技术已经成功地应用于分析健康的鼻腔微生物群。宏基因组学作为微生物组研究的新方法，它提供了对微生物基因组和功能的研究，目前被越来越广泛的应用。非靶向的宏基因组学也可以给出对URT的古菌微生物群落、真菌生物群落和病毒体的研究，尽管由于这些成分中许多成分的丰度较低，有针对性的方法在捕获它们的全部多样性方面可能更有效。

确定所检测到的与疾病相关的微生物群中的变化或异常是否是标记物或驱动因素是一个重大挑战。目前，重要的是如何更好的在疾病相关部位进行取样，以尽量减少来自邻近部位的污染。进一步研究微生物和宿主之间的相互作用和竞争关系也可能有助于指导在追求因果关系和治疗目标时的合理选择。然而，建立因果关系并证明所提议的治疗方法的有效性需要其他方法，如动物模型和临床试验。

目前无论是医生还是患者来说，对于微生物主导的疗法有很高的期望，然而大多数来自基础研究或临床试验的现有知识远远无法应用于医疗。我们在这篇综述中调查的结果表明，在填补了目前的研究空白的前提下，我们有理由对URT微生物群研究中出现的治疗解决方案保持乐观。

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