1）在前面的技术帖中，我们反复强调ITK-SNAP和3D Slicer在ROI勾画和数值测量中的作用，这里，我们就来学习一下如何使用；2）除此之外，在影像组学和人工智能的ROI勾画中，这两款软件都起着非常重要的作用和价值；3）考虑到软件的复杂程度，我们优先推荐使用ITK-SNAP，这里给出ITK-SNAP的示例。
ITK-SNAP 文件夹结构及 ROI 保存示例
本文档主要说明影像组学和人工智能研究中相关数据的文件组织结构。为了方便各位老师对自己的数据进行整理，我们设置了两种数据组织结构。
（临床信息及编号示例在文末！！！）
第一种 ：以每个 subject 为关键节点，将不同的序列都放入同一个 subject 文件夹下。以下图为例说明：
此图中，testdata01 为数据的根目录，其下包括两个文件夹(一级目录)：
Original_data :
存放原始的 nii 格式的文件。此文件夹下面的子文件夹，即 第二级目录 ，对被试数据进行编号，sub001, sub002, sub003……等等；如果数据超过 999 例，则统一用四位数进行编号, sub0001, sub0002,sub0003……等。（此处，需要注意的是，所有的数据编号所对应的临床信息，需要记录在 excel 表格中，与数据一起发送。）
编号这里比较灵活，可以采用多种方式，以下几种可供参考：
1、正常对照组：sub001, sub002, sub003,…；病人组：pat001, pat002, pat003,…
2、subx001, subx002,…其中 x=0, 代表第一组数据，x=1, 代表第二组数据，x=3,代表第三组数据。
3、为便于计算机自动读取识别，所有编号的字符个数必须相等。比如，sub001，pat001 都是 6 个字符，sub0001 是 7 个字符。
4、编号的规则一旦确定，就需要保持一致。下文有类似的地方不在重复表述。
第三级目录 ，即每个 subject 下面的NII文件用不同的序列名称表示出来，T1W, T2W, DWI 等等（命名中不能有任何空格），参考上图2。
ROI_data :
此文件夹为存放用 ITK-SNAP 画好 ROI 后的图，需要注意的是，这里的文件组织结构和 Original_data 非常类似，命名需要一一对应。在 ROI 的命名上，需要在具体的序列后面加”_mask”后缀。(从 ITK-SNAP 导出来的文件是.nii.gz 格式的，见下图。需要去掉 gz，解压即可)。
第二种 ：以每个序列为关键节点，将不同的 subject 都放入同一个序列文件夹下。以下图为例说明：
此图中，testdata01 为数据的根目录，其下包括两个文件夹(一级目录)：
Original_data :
存放原始的 nii 格式的文件。此文件夹下面的子文件夹，即 第二级目录 ，对序列进行分类命名(不能出现空格)，t1w, t2w,dwi……等等，大小写均可； 第三级目录 ，即每个序列下面，对 subject 进行编号，sub001,sub002, sub003……等等；如果数据超过 999 例，则统一用四位数进行编号,sub0001, sub0002, sub0003……等。（此处，需要注意的是，所有的数据编号所对应的临床信息，需要记录在 excel 表格中，与数据一起发送。）
ROI_data :
此文件夹为存放用 ITK-SNAP 画好 ROI 后的图，需要注意的是，这里的文件组织结构和 Original_data 非常类似，命名需要一一对应。在 ROI 的命名上，需要在具体的序列后面加”_mask”后缀。(从 ITK-SNAP 导出来的文件是.nii.gz 格式的，见下图。需要去掉 gz，解压即可)。
附录：excel 的组织形式
