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文章背景
E2F转录因子（E2F）是一组编码转录因子家族的基因，已被鉴定为参与各种癌症类型的肿瘤进展。越来越多的实验证据表明E2Fs与乳腺癌发生有关。在本文中，我们通过Oncomine，基因表达谱分析交互分析（GEPIA），Kaplan-Meier绘图仪和cBioPortal数据库等在线网站进行数据挖掘，确定了E2F1-3,5,7和8是乳腺癌患者治疗的潜在靶点，E2F4和6是乳腺癌预后相关的生物标志物。
套路解析
1
比较E2F家族在转录水平表达差异
作者首先通过ONCOMINE数据库和GEPIA网站比较E2F家族成员的转录表达（mRNA）在癌组织和正常组织中是否存在表达差异。
Figure1：E2F家族在20种不同类型的癌症中的转录表达（ONCOMINE数据库）
Figure2：不同E2F家族成员在乳腺癌和正常乳腺组织中的转录水平上的表达差异（GEPIA）
2
分析mRNA表达与乳腺癌临床信息的关系
作者还通过UALCAN网站分析不同E2F家族成员mRNA表达与乳腺癌肿瘤分级的关系。
Figure3：不同E2F家族成员mRNA表达与乳腺癌患者肿瘤分级的关系（GEPIA）
3
比较E2F家族在蛋白质水平的表达差异
与上次套路不同之处在于，上次直接通过人类蛋白质图谱（https://www.proteinatlas.org）网站比较了IHC（免疫组化）的差异，这次是通过IHC实验来比较人正常组织和乳腺癌组织之间的不同E2F家族成员的表达在免疫组织化学的图像差异。
Figure4：乳腺癌组织和正常乳腺组织中不同E2F家族成员的免疫组织化学图像差异（IHC实验）
4
分析mRNA表达在乳腺癌患者中的预后作用
接着作者通过Kaplan-Meier网站（http://kmplot.com/analysis/）分析了不同E2F家族成员mRNA表达在乳腺癌患者中的预后。
Figure5：不同E2F家族成员mRNA表达在乳腺癌癌患者中的预后作用（Kaplan-Meier绘图仪）
5
分析E2F在乳腺癌的基因表达和突变情况
接着作者用cBioPortal（www.cbioportal.org）分析E2F家族成员的基因组谱，其中包含突变和基因表达等。
Figure6：E2F在乳腺癌的基因表达和突变情况
6
分析E2F突变与相关基因的功能和通路富集
作者分析了分析了50个与E2Fs突变显着相关的邻居基因，并通过cBioPortal（www.cbioportal.org）构建了一个整合网络。并通过DAVID（https://david.ncifcrf.gov/summary.jsp）GO分析了E2F及50个的相关基因的功能, 最后又用cBioPortal分析了KEGG相关通路。
Figure7：E2F相关基因的GO富集分析（DAVID）
Figure8：E2F相关基因的KEGG通路富集分析（cBioPortal）
套路总结
这篇和上一篇思路几乎差不多，本篇将5分变8分的关键还是在于作者添加了一点免疫组化实验，这个实验简单，各个医院检验科几乎都做。生信分析加实验，高分在手不用愁！
附：
回答上次读者留言的问题，病例数据确实难找，GEO的话，如果GEO数据下载界面没有clinic文件，我会通过GEO数据原文的附录材料里面找，一般都有。TCGA的话，官方API或者Xena就可以下。找不到目标数据集，可以通datamed搜索。此处附链接：
PS:GEO临床数据下载还有一个宝藏网站，目前没有任何公众号推荐，想看的记得点好看或者留言哦。