肠道菌群的重要性值得反复强调，它是驱动人类健康的引擎！
肠道菌群的深度难以捉摸，肠道是人体最大的微生态系统，栖息着总数约10的14次方，1000-2000余种，总重量约为1-2公斤的微生物。这些肠道微生物编码基因的总数超过330万，约为人类编码基因总数的100倍，因此肠道微生物又被认为是人体的第二基因组。我们不仅仅是一个人，更是一个由数以万亿计微生物组成的超级生物体。
人体肠道就像亚马逊雨林一样，是一个复杂生态系统，它在平衡与和谐中蓬勃发展。在亚马逊雨林中，所有的动物、植物和微生物都是相互依存的，它们都对这种和谐平衡至关重要，当然其中也不乏一些我们讨厌的物种，但是它们必不可少，它们的缺失会造成意想不到的后果，削弱生态系统的健康。
人类肠道菌群也不例外，我们的肠道中生活着超过1000种以上细菌，它们对消化功能息息相关。它们帮助我们分解食物，让我们从中摄取所需的营养。
我们的食物也是肠道微生物的食物，它们也需要食物来为它们提供能量，但是并不是每一种微生物都吃同样的食物。我们所做的每一种饮食选择都会助长一群特定的微生物，而其它的微生物则可能会消亡。我们可以通过控制饮食来调节我们的肠道菌群组成。研究人员在12个月内从188名实验者身上收集了350份粪便样本和饮食数据，研究的结果表明：饮食变了，肠道菌群也变了。
我们所吃的食物会经过肠道微生物的代谢转化，在大多数情况下，健康的肠道细菌会通过将食物代谢成某种能够减少炎症、促进健康和平衡的物质来奖励我们。但是相反，不健康的食物会喂养不健康的微生物，它们可能通过制造一些让身体发炎的化合物来惩罚我们。
肠道菌群与人类健康的所有这五个要素紧密联系在一起【五个基本要素—免疫、新陈代谢、激素平衡、认知和基因表达】。肠道菌群是人类健康的指挥中心，身体各个部位所发生的事情通常都离不开肠道微生物的工作，包括心脏和大脑。
当我们的肠道菌群缺乏多样性时，人类健康的五个基本要素就会出现错误。它们都是相互联系的，但其核心都是我们的肠道菌群。
肠道菌群失调就是肠道菌群平衡被破坏，表现为肠道菌群多样性降低、有益微生物大量减少，而促炎症的有害微生物异常增加。肠道不再受到抗炎症的有益细菌的保护，再加上大量促炎症的有害细菌，这会导致保持肠壁完整性的紧密连接受到破坏，增加肠道通透性，这就是“肠漏”，这会导致细菌内毒素进入血液，引发全身性炎症。
听起来很可怕，但是不要担心，我们有办法战胜它。举个例子：艰难梭菌可能大家很熟悉，这是一种致病性的细菌，它也存在于健康人的肠道中。在正常情况下，健康的肠道细菌可以抑制艰难梭菌的生长繁殖。
但是，如果肠道受损，没有足够的有益细菌时，艰难梭菌就会大量繁殖，变得更强大，导致结肠炎，并伴有腹痛、发烧和严重腹泻。这甚至可能发展成为败血症，迅速夺走最健康的生命。在这种情况下，可能需要紧急手术切除整个结肠，以摆脱感染，挽救病人的生命。
21世纪初，艰难梭菌通常只在服用抗生素的住院病人身上发现。抗生素在杀死有害细菌的同时也会大量杀死有益细菌，从而让具有抗生素耐药性的艰难梭菌大量繁殖并占据主导地位。这个时候通常又会使用另一种更强大的抗生素来治疗艰难梭菌感染。这种方法奏效了一段时间，但是到2010年左右，我们看到了越来越多的抗生素失效的案例。同时，我们还看到艰难梭菌开始出现在一些从未服用过抗生素，也从未住过医院的年轻人身上。随着抗生素的效力逐渐减弱，人们对艰难梭菌感染变得越来越束手无策，有些人需要长期使用抗生素治疗，而更不幸的是很多人失去了他们的结肠甚至生命。
在绝望之时，研究人员尝试用粪便作为治疗手段，那就是粪便移植。当研究人员把一个健康人的粪便转移到患者肠道时，可以有效的治疗艰难梭菌感染，有效率甚至高达90%以上，这简直是个奇迹。
那么是什么让粪便移植如此特别呢？其实很简单，这是在恢复肠道菌群的平衡，让正确的细菌回到岗位工作，它们会立即控制和抑制致病性的艰难梭菌，就像那些拥有健康肠道菌群的人身上发生的一样，他们可能有艰难梭菌的定植但是没有造成感染。粪便移植现在也被用于治疗很多难治性的疑难杂症，取得了可喜的结果。