教程 | 基因表达量分组求和、求平均、求最值.....

写在前面

前两天我在推文中提到，我们用我们的软件讲培训，主要表达的意思是，培训讲师几乎都是软件的原作者。这类在市面上，还是很少。与此同时，还想表达的意思是，就我个人而言，会在培训前中后，专门针对软件进行完善和优化，从而使得讲演和软件整体更为完善。

场景描述

在过几天的培训中，我们会拿到转录组的基因表达量表格，覆盖8个时期，每个时期3个生物学重复。在后续时间序列分析上，软件往往要求一个基因一个时间点只有一个数值（即三个生物学重复需要压缩成一个）。

于是，如何完成压缩，是一个问题。

使用 TBtools 进行列压缩

当然，如果直接写个单行命令，也不是不行，就是相对麻烦。在这种时候，可以写个小脚本。不过思来想去，这个需求在我身上出现也不止一两次。干脆就给 TBtools 增加一个功能，方便讲演开展，也方便用户和我以后的数据分析。结果如下，Others -> Table/Text File manipulator -> Tabel Column Collaspe

使用简单

可以简单使用少量文本调试

来一张文件输出的效果对比图

注意到，基因汇总模式有多种选项：

1. Mean

2. Sum

3. Min

4. Max

5. Var

6. Sd
   ....

写在最后

很久没有在 TBtools 主程序更新功能了。当然主要原因还是似乎没看到新的有意思的需求。