国际运输船舶增值税退税管理实操重点
根据《财政部 交通运输部税务总局关于海南自由贸易港国际运输船舶有关增值税政策的通知》（财税〔2020〕41号）、《财政部 交通运输部 税务总局关于中国（上海）自由贸易试验区临港新片区国际运输船舶有关增值税政策的通知》（财税〔2020〕52号）规定，税务总局配套制发了《国际运输船舶增值税退税管理办法》（以下简称“《办法》”）。现解读如下：
一、出台背景
为支持海南自由贸易港、上海自由贸易试验区临港新片区建设，财政部会同交通运输部、税务总局先后制发了《关于海南自由贸易港国际运输船舶有关增值税政策的通知》（财税〔2020〕41号，以下简称“41号文件”）和《关于中国（上海）自由贸易试验区临港新片区国际运输船舶有关增值税政策的通知》（财税〔2020〕52号，以下简称“52号文件”），明确对国际运输企业自境内建造船舶企业购买、在海南洋浦港、上海洋山港登记的船舶，实行增值税退税政策（以下简称“船舶退税”）。为确保船舶退税政策落地，税务总局制发了《办法》，就船舶退税的备案、办理及后续管理等问题予以明确。
二、主要内容
（一）适用《办法》的具体范围？
《办法》第二条明确，运输企业购进符合41号文件第一条、52号文件第一条规定条件的船舶，按照《办法》办理船舶退税。
（二）如何确定船舶退税的退税额？
《办法》第二条明确，船舶退税退还的增值税额，为运输企业购进船舶取得的增值税专用发票上注明的税额。
（三）适用船舶退税政策的运输企业，如何办理船舶退税备案？
《办法》第四条明确，适用船舶退税政策的运输企业，应于首次申报船舶退税时，凭以下资料向主管税务机关办理船舶退税备案：一是内容填写真实、完整的《出口退（免）税备案表》及其电子数据。二是运输企业从事国际运输或港澳台运输业务的证明文件复印件。同时，为便利企业，《办法》明确，上述资料运输企业可通过电子化方式提交。
（四）适用船舶退税政策的运输企业，在填写《出口退（免）税备案表》时，有什么需要特别注意的地方？
《办法》第四条明确，适用船舶退税政策的运输企业在填写《出口退（免）税备案表》时，应在“是否提供零税率应税服务”栏次填写“是”；“提供零税率应税服务代码”栏次填写“01（国际运输服务）”；“出口退（免）税管理类型”栏次填写“船舶退税运输企业”；其他栏次按填表说明填写。
（五）此前未办理过出口退（免）税备案的运输企业，如在适用船舶退税政策的同时，还开展了货物劳务出口业务，应当如何办理出口退（免）税备案？
《办法》第五条明确，适用船舶退税政策的运输企业同时出口货物劳务、且未办理过出口退（免）税备案的，除船舶退税备案所需资料外，还应按现行规定提供加盖备案登记专用章的《对外贸易经营者备案登记表》或《中华人民共和国外商投资企业批准证书》，以及《中华人民共和国海关报关单位注册登记证书》等相关资料。
（六）已办理船舶退税备案的运输企业，不再从事国际运输业务的，是否需要向税务机关办理备案变更手续？如何办理？
需要办理。《办法》第七条明确，已办理船舶退税备案的运输企业，发生船籍所有人变更、船籍港变更或不再从事国际运输（或港澳台运输）业务等不符合41号文件、52号文件规定的退税条件的，须自条件变更之日起30日内，持相关资料向主管税务机关办理备案变更，并自条件变更之日起，停止享受船舶退税政策。
（七）适用船舶退税政策的运输企业，应当如何申报办理船舶退税？
《公告》第九条明确，运输企业向主管税务机关申请办理船舶退税时,提供下列资料及电子信息:一是41号文件、52号文件第三条第1项、第2项规定的资料复印件。其中，此前已向主管税务机关提供过的资料，如无变化，企业无需重复提供。二是《购进自用货物退税申报表》及其电子信息，并在该表业务类型栏填写“CBTS”，备注栏填写“船舶退税”。三是境内建造船舶企业开具的增值税专用发票及其电子信息。四是主管税务机关要求提供的其他资料。同时，为便利企业，《办法》明确，上述资料运输企业可通过电子化方式提交。
（八）运输企业在申报船舶退税时，需要提供境内建造船舶企业开具的增值税专用发票，对于上述发票有什么特别要求？
《办法》第九条明确，运输企业购进船舶的增值税专用发票，应当已通过增值税发票综合服务平台确认用途为“用于出口退税”。
（九）已办理船舶退税备案的运输企业，发生船籍所有人变更、船籍港变更或不再从事国际运输（或港澳台运输）业务等不符合41号文件、52号文件规定情形的，是否需要补缴已退税款？
需要补缴。《办法》第十二条明确，已退税船舶发生船籍所有人变更、船籍港变更或不再从事国际运输（或港澳台运输）业务等不符合41号文件、52号文件规定的退税条件的，运输企业应当在条件变更次月的纳税申报期内，向主管税务机关办理补缴已退税款手续。应补缴税款按以下公式计算得出：
应补缴税款＝购进船舶的增值税专用发票注明的税额×（净值÷原值）
净值＝原值－累计折旧
（十）运输企业发生骗取船舶退税等违法违规行为的，应当如何处理？
《办法》第十四条明确，运输企业发生骗取船舶退税的，主管税务机关应追回已退税款，并依照税收征管法的有关规定处理。
三、执行期限
41号文件明确，海南船舶退税政策的施行期限为2020年10月1日～2024年12月31日，52号文件明确，上海船舶退税政策的施行期限为2020年11月1日～2024年12月31日，施行期限均以《船舶所有权登记证书》的签发日期为准。根据上述规定，《办法》发布后，凡是《船舶所有权登记证书》签发日期在上述政策施行期间的，均可按《办法》申请船舶退税。
（来源：国家税务总局办公厅）