AU富集区域查找

E30AFBEFE2CF273E3D6A2A06E188CE0C转录后调控是基因表达中的重要步骤，而富AU元件（ARE，rich AU element）是转录后调控的重要位点，它们是顺式作用元件。在昨天的综述里面-3'UTR是做什么的？，我们也介绍到AU调节mRNA稳定性，最初它们在mRNA的3‘UTR区域发现并可以调节mRNA的衰变和翻译。另外最近研究发现，在基因的内含子区域也ARE也可以调控基因的表达。
ARED-Plus 数据库（https://brp.kfshrc.edu.sa/ared），是一个可以用来预测基因是否含有AU富集区域的数据库。这个数据库可以通过通过基因名的检索，来预测这个基因是否会收到ARE的调控。

PS：这个数据库需要科学上网才能用。


使用方法

使用方法很简单，网站提供了三种检索方式：基本检索; 高级检索以及列表批量检索。三种检索方式大同小异，这里就介绍一下基本检索。

打开基本检索之后，我们可以看到下面这个界面。

  1. 首先需要我们去选择的是，想看3UTR区还是内含子区的ARE。我们把两个都选上。

  2. 另外直接输入检索的关键词即可。最基本的还是基因名，我们这里输入：RNF180。

  3. 点击搜索即可。

结果解读

检索完之后，我们可以得到关于这个基因是否有ARE的信息。如下图：

结果中如果3’UTR区和内含子区都有调控位点。默认显示的是3’UTR的结果。我们可以通过切换成内含子的结果。对于结果的检索网站还同时提供了结果的下载。

另外，这个网站目前就提供了最基本的查询信息。如果还要查看进一步的信息。需要去他们开发的另外一个网站：AREsite2（http://rna.tbi.univie.ac.at/AREsite2/welcome）

AREsite2

该网站的使用也是很简单的。我们需要做的就是：

  1. 选择感兴趣的motif

  2. 选择物种

  3. 选择感兴趣的区域

  4. 输入想要查看的基因名：我们这里还是选择RNF180

对于网站的输出结果，首先我们可以看到的是一个简陋的基因浏览器，在这个浏览器里面，我们可以看到我们检索的目标基因存在相关motif的具体位置。
除了可视化的结果，网站还提供了具体结果的表格信息。

数据下载

关于ARED-Plus数据库，如果觉得每次上网站检索很麻烦的话，网站提供了把所有数据下载下来的功能。我们选择 FTP即可看到下载所有数据的界面。

下载下来的数据是这个样子的，信息还是挺全的。这样假如我有整个基因组很多靶向基因进行分析的时候，就可以批量进行个性化检索或者处理了。

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