Environmental Microbiology | 海洋细菌类群和功能基因中高度可变的mRNA半衰期
推荐：江舜尧
编译：罗睺
编辑：十九
维也纳大学湖沼学与生物海洋学学者Eva Sintes等人于近期（2019年7月10日接收）在《Environmental Microbiology》上发表了题目为《Highly variable mRNA half-life time within marine bacterial taxa and functional genes》的文章。作者利用qPCR技术，探索了影响三种海洋细菌分离株转录本衰减率的不同因素，并通过对沿海环境原生生物群落的宏转录组分析，确定了特定细菌种群和功能基因的mRNA半衰期，强调了随着温度和生长速率的变化相互作用影响RNA降解。
文章摘要
信使RNA可以为微生物代谢过程的变异性提供有价值的线索。然而，RNA的不稳定性限制了其在环境样品活性分析中的应用。我们利用qPCR技术，探索了影响三种海洋细菌分离株转录本衰减率的不同因素，并通过对沿海环境原生生物群落的宏转录组分析，确定了特定细菌种群和功能基因的mRNA半衰期。11个细菌分离株基因转录本的半衰期为1-46 min，约80%的转录本半衰期短于10 min, mRNA与rRNA的半衰期存在显著差异。从沿海的一个转录组获得的mRNA的半衰期在9到400 min之间。最短的半衰期所对应的细菌转录组均来自同一组同源基团(COGs)的转录本。与防御机制和运动性相关的基因中普遍存在较短的mRNA半衰期，这表明RNA的衰减率与环境应激因子有密切的关系。特别是评估环境样本的转录组时，RNA的半衰期短，变异性高的特性更需要充分考虑。
文章中重要图片说明
图1 | 16S rRNA基因转录本的半衰期(T1/2)，atpF(ATP合酶B链)，dnaK(伴侣蛋白Hsp70)，hflB(ATP-dependent蛋白酶),pykA(丙酮酸激酶),rpoB(RNA聚合酶ß亚基)，pssA(磷脂酰丝氨酸合酶)，pepA(氨基肽酶A/I)，recA (DNA修复蛋白)，thyA(胸腺苷酸合成酶)和clpP(clp蛋白酶亚基2)的细菌分离株在4℃、15℃和25℃条件下，亚德食酸菌(n=9)、北极星藻(n=15)和Croceibacter atlanticus (n=21)。
图2 | 来自亚得里亚海沿岸的宏转录组中44个细菌科的半衰期(T1/2)和相对丰度(%)
图3 | COG种类和亚类的半衰期(T1/2)。中间线用细水平线表示，平均值用粗水平线表示。
图4 | 基于最丰富的五种细菌的COG亚类的平均半衰期和半衰期的变异系数(CV)之间的线性回归（95%置信区间，γ-变形杆菌、α-变形杆菌、杆菌、β-变形杆菌和放线菌)。
你可能还喜欢