推荐：江舜尧
编译：小鹿同学
编辑：小菌菌
美国宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院微生物学系Frederic D. Bushman等人于2020年4月15日在国际顶级期刊Nature发表题目为《The stepwise assembly of the neonatal virome is modulated by breast feeding》的文章，该研究利用宏基因组学的方法发现，病毒的早期定殖是逐步进行的，第一阶段的特征是先驱细菌诱导的噬菌体，第二阶段的特征是感染人类细胞的病毒定殖，且后者受母乳喂养的调节。本文所使用的宏基因组学方法有助于评估全球环境下不同喂养策略的效果，从而完善婴儿免受肠道病毒感染的保护作用。
文章内容
健康的人类新生儿的肠道通常在出生时没有病毒，但很快就会有病毒定殖，这在某些情况下会导致胃肠道疾病。本文中，研究者表明新生儿体内病毒群落的产生是通过不同步骤进行的。来自婴儿胎粪或早期粪便样品的纯化后病毒样颗粒的荧光染色显示病毒颗粒很少或几乎没有，但是当婴儿有一个月大时，病毒颗粒的数量增加到每克109个，并且这些数量在整个生命中持续存在。研究者使用鸟枪法宏基因组测序的方法对富含病毒的样品以及整个微生物群落进行了调查，研究这些病毒种群的起源，然后进行了靶向微生物学分析。结果表明，出生后早期先驱细菌在婴儿肠道内定殖，由这些细菌诱导的噬菌体在一个月后便成为病毒样颗粒的主要种群。到第四个月时，在人类细胞中复制的可识别病毒变得更加突出。与仅部分或全部以母乳喂养的婴儿粪便样本相比，完全以配方奶粉喂养的婴儿粪便样本中的多种人类病毒的丰度更高，与此同时，有研究报道称母乳可以预防病毒感染。噬菌体的种群也根据婴儿是否母乳喂养而有所不同。研究者发现，婴儿肠道的定殖是逐步进行的，首先主要是由先驱细菌诱导的温和噬菌体，然后是在人类细胞内可复制的病毒；第二个阶段受母乳喂养的调节。
图1 | 婴儿肠道样品中病毒样颗粒（VLPs）的检测和表征。
图2 | 噬菌体的诱导是生命早期病毒组的主要贡献者。
图3 | 母乳喂养以及婴儿肠道内的病毒定殖。
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