Microbiome：补充益生菌可恢复抗生素治疗和剖腹产的婴儿的肠道菌群组成和功能
芬兰赫尔辛基大学学者Katri Korpela于2018年10月17日在《Microbiome》上发表题目为《Probiotic supplementation restores normal microbiota composition and function in antibiotic-treated and in caesarean-born infants》的文章。
该文章通过16s测序，宏基因组学和宏蛋白组学揭示了抗生素和剖腹产相关的婴儿粪便中微生物群的大多数变化可以通过向母亲和婴儿补充益生菌来纠正或减少。 结果表明，母乳喂养和补充益生菌在支持这些婴儿的微生物群发展方面提供了最佳结果。
研究摘要
通过剖腹产或接受抗生素出生的婴儿会增加发生代谢，炎症和免疫疾病的风险，这可能是由于在重要的发育期内肠道微生物群的破坏。
本研究采用双盲，安慰剂对照的随机临床试验，来探究益生菌补充剂是否可以改善抗生素使用或剖腹产对婴儿微生物群的影响。在怀孕期间，一组母亲被给予多种益生菌，包括短双歧杆菌Bb99（Bp99 2×108 cfu），丙酸杆菌亚种（Propionibacterium freundenreichii subsp. shermaniiJS ，2×109cfu），鼠李糖乳杆菌Lc705（5×109cfu）和鼠李糖乳杆菌GG（5×109cfu）（N = 168母乳喂养和31配方奶粉喂养），另一种被给予安慰剂补充剂（N = 201母乳喂养和22配方），婴儿给予相同的补充。在3个月时收集婴儿的粪便样品，并使用16S rRNA基因扩增子测序，宏基因组学和宏蛋白质组学方法进行分析。
结果表明：益生菌补充剂对微生物群组成具有显著的影响，但其效果取决于婴儿的饮食。只有母乳喂养的婴儿表现出双歧杆菌的增加和变形杆菌和梭菌的减少。在安慰剂组中，分娩方式和抗生素的使用都与微生物群组成和功能的改变显著相关，特别是双歧杆菌的减少。在益生菌组中，抗生素和分娩方式的影响要么被完全消除，要么被减少。
该研究表明，通过补充婴儿益生菌混合物以及母乳喂养，可以纠正由抗生素治疗或剖腹产引起的微生物群组成和功能的不希望的变化。
关键词：早期微生物群，双歧杆菌，乳酸杆菌，宏基因组学，宏蛋白质组学
文中主要图片说明
图1 补充益生菌和喂养方式对顺产的非抗生素治疗的婴儿的微生物群组成的影响。a-b 根据16S rRNA基因扩增子测序分析粪便样品中益生菌混合物中物种的相对丰度。c-e 根据宏基因组学分析母乳喂养婴儿中益生菌种类的相对丰度。 每组婴儿的数量记录在每个小组的底部（a-e）。f 根据种水平的16S rRNA基因数据的主要坐标分析（Bray-Curtis相似性）。g 治疗组和不同喂养方式的双歧杆菌种群的组成
图2 补充益生菌对不同喂养方式的顺产的，非抗生素治疗的婴儿的影响。 倍数变化代表补充治疗组和对照组之间的菌株的相对丰度的差异。 星号表示差异显著性。
图3 补充益生菌和分娩方式对微生物群的影响。（a）基于16S rRNA扩增子数据，不同组中纲水平的微生物群的总体平均组成。（b）与顺产婴儿相比，科水平上差异显著的菌株。补充益生菌和分娩方式对宏蛋白组学（c）和宏基因组（d）的主要坐标分析的影响。
图4 补充益生菌和抗生素的使用对16S rRNA扩增子数据中微生物群组成的影响。（a）不同组中纲水平的微生物群的总体平均组成。（b）与非抗生素治疗组相比，科水平上差异显著的菌株。
点评
该研究样本量很大，四百多个，并且用了三种方法：16s测序，宏基因组学，宏蛋白组学。但是，该研究的实验设计感觉不是很清晰，根据文中的四张图和一个表好像也没很好的说明使用的三种方法的分析。也可能是我没细看，所以说的不对，如果你对这篇文章有什么看法可以留言一起交流哦！