LncRNA分析流程搭建——前言

湿实验转岗干实验的菜鸡，现需搭建ceRNA分析流程，记录学习过程，供交流学习~

背景：lncRNA是长度>200个核苷酸的非编码RNA，占ncRNA的80%左右，其本身缺少明显的开放阅读框，不编码蛋白质，广泛存在于各种生物体内，具有组织特异性表达和丰度低等特点。lncRNA大多数由RNA聚合酶II转录后经过剪接和多聚腺苷酸化加工而成，通常具有5'加帽结构和3'多聚A尾结构，但其中有40%的lncRNA不携带poly(A)。lncRNA保守性较差，仅在RNA的二级结构和启动子区域有进化保守性。相比于其他非编码RNA，lncRNA序列较长，可形成更为复杂的空间结构而与蛋白质因子相互作用，故携带的信息量更为丰富；lncRNA也提供了较大的空间位置，可同时与多个分子结合。

技术原理：由于只有部分lncRNA的3'端带有poly(A)，其他lncRNA则缺少poly(A)，因此针对poly(A)的oligo (dT) 磁珠富集方法不能全面捕获lncRNA。通常lncRNA的高通量测序采用去除核糖体RNA（rRNA）的方法来富集lncRNA。在处理样本时采用去除rRNA的反向富集法不仅可以最大限度的保留lncRNA的种类，同时还可以最大限度的富集到所有的转录组mRNA，随后可反转录为cDNA进行测序文库的构建，上机测序。

生物信息学分析：(1)测序数据质量控制；(2)序列比对；(3)转录本拼接；(4)lncRNA的鉴定与注释；(5)差异表达分析；(6)lncRNA功能分析和预测

生信分析过程将逐步呈现~