MOL ECOL RESOUR | 福建水产所黄种持：利用纳米孔测序和Hi‐C对赤斑石斑鱼染色体水平参考基因组的从头组装

推荐：江舜尧

编译：杨雅媛

编辑：马莉

福建省水产研究所海洋生物增养殖与高值化利用重点实验室黄种持团队于2019年7月20日在《Moclecular Ecology Resources》发表题目为《De Novo Assembly of a Chromosome-Level Reference Genome of Red Spotted Grouper (Epinephelus akaara) Using Nanopore Sequencing and Hi-C》的文章，该研究为赤斑石斑鱼分子育种和功能基因组研究提供了宝贵的资料。

文章摘要

研究背景：赤斑石斑鱼是我国、日本和东南亚最重要的海洋鱼类之一，是一种濒危物种。该物种也被认为是研究性反转、发育、遗传多样性和免疫性的良好品种。尽管如此，石斑鱼的分子研究仍然有限，迄今为止还没有可参考的基因组研究。

方法：本文利用利用牛津纳米孔技术（ONT）和Hi-C技术，利用单分子长读取测序和从头重组装技术，建立了赤斑石斑鱼Epinephelus akaara(E. akaara)染色体水平参考基因组。

结果：赤斑石斑鱼基因组1.135GB是由106.29GB的多聚纳米孔序列（GridION, ONT）组装而成，相当于基因组覆盖率的96倍。组装后的基因组完整率为96.8%，连续N50长度为5.25MB，长连续N50长度为25.75MB。利用Hi-C数据，将这些重叠群聚集在24个伪染色体上，覆盖了大约95.55%的基因组，其中N50长度为46.03MB。基因组包含43.02%的重复序列和5480个非编码RNA。此外，结合其它RNA序列数据集，共有23923个预测蛋白编码序列对23808个（99.5%）基因进行功能性注释。

结论：本文研究首次构建了高质量的赤斑石斑鱼染色体水平参考基因组，为赤斑石斑鱼分子育种和功能基因组研究提供了宝贵的资料。

文中重要图片说明

表1 | 赤斑石斑鱼基因组装配统计表

表2 | 注释重复汇总表

表3 | 预测蛋白编码基因汇总表

表4 | 功能性注释蛋白编码基因的汇总表

表5 | 非编码RNA汇总表

图1 | 赤斑石斑鱼（赤霞珠）

图2 | 利用Hi-C数据建立赤斑石斑鱼基因组连续表达矩阵。图例颜色表达基因表达密度由深（高）到浅（低）。