安装 | 比较基因组系列之一 - WGDI 软件安装与配置

写在前面

前述已经提及，接下来会有一系列推文是我的好基友 - 比较基因组小王子 出品。目前，我手上已经拿到系列推文主题，包括但不仅限于：

  1. 点阵图（dotplot）

  2. 共线性（collinearity）

  3. Ks

  4. Blockinfo

  5. ks dotplot

  6. ks 峰值
    ...

今天，我们先安装并配置其开发的比较基因组软件 - wgdi

Linux 下一键安装（注: windows下也可以使用）

软件依赖于 Python3，在py3的环境下，直接

pip3 install wgdi

当然，也存在可能pip就是pip3，具体看各位系统

配置具体环境 并 安装依赖程序

找到使用的 python 对应的 site-packages 目录

大体可以通过一下方法

which python3

确认使用的py3具体位置，由于我使用的是conda，所以是

~/anaconda3/bin/python3

基于这个目录，可以确定对应目录大体为

~/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/wgdi/

如果你没有使用conda，which python3那么可能是

/bin/python3

则对应的目录可能是

/lib/python3/site-packages/wgdi/

找到这个目录后，可以确定具体 wgdi 软件依赖

vim ~/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/wgdi/conf.ini

可以查看具体内容

[ini]
mafft_path = C:\bio\mafft-win\mafft.bat
pal2nal_path = C:\bio\pal2nal.v14\pal2nal.pl
yn00_path = C:\bio\paml4.9h\bin\yn00.exe
muscle_path = C:\bio\muscle3.8.31_i86win32.exe
iqtree_path = c:\bio\iqtree-1.6.12-Windows\bin\iqtree.exe

换句话说，wgdi的依赖都是一些常见软件：

  • mafft 用于序列比对

  • pal2nal 用于蛋白比对转换为核酸比对

  • yn00 用于计算kaks

  • muscle 应是与mafft功能相同

  • iqtree 用于构建进化树

配置依赖

以上软件，安装和配置简单，比如

pal2nal

如果 wget 失败，直接本地下载，上传即可

wget "http://www.bork.embl.de/pal2nal/distribution/pal2nal.v14.tar.gz"
tar -zxvf pal2nal.v14.tar.gz

获取对应的路径

/home/chengjie_chen/wgdi/pal2nal.v14/pal2nal.pl

对于安装好的软件，直接which确定程序具体路径

which mafft
# /usr/local/bin/mafft

yn00

/home/chengjie_chen/TestPAML/paml4.9j/bin/yn00
/tools/muscle
/tools/iqtree-1.6.12-Linux/bin/iqtree

于是，最后可以直接修改配置文件conf.ini，具体文件内容如下

[ini]
mafft_path = /usr/local/bin/mafft
pal2nal_path = /home/chengjie_chen/wgdi/pal2nal.v14/pal2nal.pl
yn00_path = /home/chengjie_chen/TestPAML/paml4.9j/bin/yn00
muscle_path = /tools/muscle
iqtree_path = /tools/iqtree-1.6.12-Linux/bin/iqtree

于是安装与配置就完成了

写在最后

Emmm，经过我个人的测试，其实安装和配置还是简单。感兴趣的建议一篇推文一篇推文跟着走，有问题就直接留言吧。当然，也可以到 bioinformatics*中国 的编程分舵（是的，我们有perl分舵和python分舵） - QQ群：Python for Bioinformatics，直接找群主也行的
想想时间过得真快，分舵成立，转眼就是4年，那会我还是 bioinformatics*中国 第5任？群主。哈哈哈

时光匆匆，胖川早已是青椒，而我也马上就毕业了。

我想，或许人生漫漫，总有一些日子是让人每每怀念。

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