R语言版本的bedtools--bedtoolsr
bedtools是一款非常强大的用于处理bed，vcf，gff等格式数据的工具，该软件由犹他大学的Quinlan实验室开发。但是目前bedtools主要提供的是在linux，unxi等操作系统环境下的“命令行”运行方式，然而，对于想要使用R语言进行bedtools命令操作的科研人员来说就显得比较麻烦。今天，我就给大家介绍一款由北卡罗来纳大学教堂山分校开发的R语言版本的bedtools--bedtoolsr。话不多说，直接上干货。
- 安装bedtoolsr
install.packages("devtools") devtools::install_github("PhanstielLab/bedtoolsr") # 首次使用需要安装- 加载bedtoolsr
library(bedtoolsr)- 生成测试数据
A.bed <- data.frame(chr = c("chr1", "chr1", "chr3"), start = c(10, 100, 50), end = c(40, 150, 110))B.bed <- data.frame(chr = c("chr1", "chr5"), start = c(20, 60), end = c(35, 80))print(A.bed)# chr start end#1 chr1 10 40#2 chr1 100 150#3 chr3 50 110print(B.bed)# chr start end#1 chr1 20 35#2 chr5 60 80- 调用方法，这里主要介绍两种。bedtoolsr的函数跟bedtools的方法几乎是一一对应的。甚至函数名，参数名几乎都一样。因此，可以即便是新手，也可以快速入手bedtoolsr。下面以intersect方法为例，讲解调用方法。
#调用方法一bt.intersect(a = A.bed, b = B.bed)#output# V1 V2 V3#1 chr1 20 35#调用方法二bedtoolsr::bt.intersect(a = A.bed, b = B.bed)#output# V1 V2 V3#1 chr1 20 35#intersect所有参数# a,# b,# wa = NULL,# wb = NULL,# loj = NULL,# wo = NULL,# wao = NULL,# u = NULL,# c = NULL,# C = NULL,# v = NULL,# ubam = NULL,# s = NULL,# S = NULL,# f = NULL,# F = NULL,# r = NULL,# e = NULL,# split = NULL,# g = NULL,# nonamecheck = NULL,# sorted = NULL,# names = NULL,# filenames = NULL,# sortout = NULL,# bed = NULL,# header = NULL,# nobuf = NULL,# iobuf = NULL,# output = NULL- bedtoolsr中所有的函数
| 函数名 | 函数名 | 函数名 |
|---|---|---|
| bt.annotate | bt.bamtobed | bt.bamtofastq |
| bt.bed12tobed6 | bt.bedpetobam | bt.bedtobam |
| bt.closest | bt.cluster | bt.closest |
| bt.cluster | bt.complement | bt.coverage |
| bt.expand | bt.fisher | bt.flank |
| bt.genomecov | bt.getfasta | bt.groupby |
| bt.igv | bt.intersect | bt.jaccard |
| bt.links | bt.makewindows | bt.map |
| bt.maskfasta | bt.merge | bt.multicov |
| bt.multiinter | bt.nuc | bt.overlap |
| bt.pairtobed | bt.pairtopair | bt.random |
| bt.reldist | bt.sample | bt.shift |
| bt.shuffle | bt.slop | bt.sort |
| bt.spacing | bt.split | bt.subtract |
| bt.summary | bt.tag | bt.unionbedg |
| bt.window |
赞 (0)