R语言GEO数据处理（二）

#1. GEO数据的下载

##1.1 方法一：下载RAW Data数据

##1.2 方法二：下载series Matrix表达数据

rt <- read.table("GSE56814_series_matrix.txt.gz",

sep = '\t', header = T,

comment.char = '!')

##1.2 方法三：使用GEOquery包进行下载

###加载R包

library(GEOquery)

###下载数据，如果文件夹中有会直接读入

gset = getGEO('GSE56815', destdir=".", AnnotGPL = F, getGPL = F)

class(gset)

###提取子集

gset[[1]]