在线聚类分析网站

对于高维度的数据分析而言,例如RNA-seq的数据。我们在得到数据想要解释不同分组之间的差异的基因。往往都需要逐渐的降维来进行解释。最普遍的方法通过差异分析—富集分析这样的也算是一种逐步降维的操作。这样这样的分析,也有可能聚焦到很多个目标当中,比如一个通路当中有很多个基因。因为为了更好的解释高维度的数据,也就有了基因分型这样的分析方法。

简单来说的基因分型,就是各种算法的无监督的聚类分析。对于一个RNA-seq的数据,基于每个样本当中不同的基因特征,把所有检测的样本分成不同的组(亚型)。例如昨天介绍的那个文献,就是基于免疫相关基因把胰腺癌分成了5个亚型

对于聚类分析而言,如果要实现的话,用的最多的还是R或者python。涉及到代码的话,就需要一定的门槛。所以今天就给大家介绍一个在线的用于基因聚类分析的网站:COMSUC([http://comsuc.bioinforai.tech/analysisTab])

内置算法和数据集

如果只是用来分析一些,基本的公共数据的话。例如,TCGA、ICGC、TARGET。在COMSUC当中提供了原始的数据。所以可以用来直接分析。

当然如果想要特异性的分析一些数据的话,那上传自己的数据。具体格式要求的话,可以参照数据库里面的介绍:[http://comsuc.bioinforai.tech/manualTab/Html/General]

另外对于不同的聚类得到的结果是不一样的。至于说那个聚类算法好,这个具体分析具体看。在这个数据库当中,一共提供了8种不同的算法可以使用。

同时在共识聚类当中,也提供了三种算法。

数据库使用

对于数据库的时候的话,如果是使用内置数据集。就基于我们的想要分析的内容进行适当的选择即可。例如,我想要分析:TCGA在ACC癌当中基于mRNA数据来进行Kmeans聚类分析的结果

结果展示的话,主要是成分成四个部分。

    1. 样本网络展示,这这个部分,我们可以查看不同样本之间基于聚类的网络是什么样子的。同时,我们在网站的右边还可以自定义可视化结果。以及下载相关的图片。

    2. 样本相关性分析图,除了网络图展示不同样本之间的关系之外。还可以展示不同样本之间的相关矩阵

    3. 如果是使用TCGA数据的话,里面有预后信息。我们还可以分析不同分型和预后的关系。

    4. 不同分型之间存在差异基因。由于基因分型其实就是不同的分组。所以基于不同的分组我们可以寻找差异基因。这里也就展示了那些基因是有差异的。

      以上就是这个数据库可以展示出来的结果。对于数据库分析的所有结果。我们都可以通过Download下载下来。

总的来说

这个网站,给我们提供了可以不用代码就可以进行基因分型分析的方法。如果想要进行相关的基因分型分析的话。可以尝试一下这个网站哦。

(0)

相关推荐

  • Cancers 6 |单细胞测序泛癌分析

    实体瘤肿瘤特异性免疫预后特征及其与免疫检查点治疗的关系 首先让我们通过摘要了解下这篇文章的主要内容,为了阐明免疫细胞浸润作为实体肿瘤预后标志的作用,作者分析了四个公开的单细胞RNA-Seq数据集和TC ...

  • 2020年的3+分ceRNA分析长啥样?

    Dysregulated lncRNA-miRNA-mRNA Network Reveals Patient Survival Associated Modules and RNA Binding P ...

  • 不研究肿瘤,就用不了TCGA的测序数据库,那要用啥……

    要分析测序数据,一般都会想到的是TCGA (当然GEO上也有部分的测序数据).但TCGA上只有肿瘤的相关研究,我们如想要研究其他疾病,甚至研究其他物种的测序数据, 其实可以看点别的,比如上EMBL-E ...

  • 表达分析哪家强?层次聚类、k-means、mfuzz、WGCNA?

    表达分析是转录组数据分析中占比很大的一部分内容,可以说是转录组文章的半壁江山了.什么层次聚类.k-mean聚类.mfuzz聚类.WGCNA,什么热图.折线图.网络图,看起来花团锦簇.今天,我们就来点评 ...

  • 菜鸟记261-一个神奇的在线抠图网站,您值得收藏

    欢迎转发扩散 万一您身边的盆友用得着呢? 关键词:在线抠图:操作难度* 咱们在制作PPT或其他工作过程中,经常需要对图片进行抠图处理,比如要实现把荷花从背景中分离出来,您第一时间想到的是不是高大上的P ...

  • 菜鸟记405-还是一个好玩好用的在线图表网站,建议收藏!

    万一您身边的朋友用得着呢? 各位朋友早上好,小菜继续和您分享经验之谈,截止今日小菜已分享400+篇经验之谈,可以文章编号或关键词进行搜索. 微信推送规则发生改变,如果您想看到小菜每个工作日的经验之谈, ...

  • ios企业签名在线签名网站有哪些?

    了解苹果签名市场的伙伴都清楚,tf签名.超级签名.企业签名三种签名方式中,iOS企业签名是最早出现的签名方式,随着互联网的不断发展,iOS企业签名的方式也在不断的更新和迭代,有初期的手动线下再到线上, ...

  • 给建筑师和学生的4个在线资源网站

    今天给大家安利一期关于如何制作建筑效果图的网站. 1.RONENBEKERMAN RONEN BEKERMAN是国际非常有名的建筑效果图资讯网站之一,也许你觉得这里所用到的技巧离初学者稍微有点远,但是 ...

  • m6A在线预测网站——SRAMP

    点击"Prediction"按钮 选择预测的模型 左边的"Full transcript mode"在对编码和非编码RNA进行预测时,建议使用此模式. 注意,在 ...

  • 华为鸿蒙系统最新消息,HarmonyOS 应用开发在线体验网站上线

    华为的鸿蒙系统从开发之初就受到了大家的广泛关注,从一开始的"备胎"到现在最新的HarmonyOS 2.0版本,华为鸿蒙系统在成长过程中也是经历了不少的波折. 今天,华为鸿蒙系统又有 ...

  • 在线去水印网站推荐 ,一键去水印方法

    美图秀秀作为老牌的图片处理工具,用来一键去水印非常方便.而且美图秀秀内置非常多的图片处理功能,拼图.人像美容.添加边框等等都可以在网页端完成操作.使用美图秀秀怎么去水印呢?上传照片后使用消除笔功能对水 ...

  • 值得推荐的在线去水印网站

    对于不会PS的朋友来说,去水印是件很困难的事情.但其实去水印远没有想象中那么复杂,甚至你都不用下载软件,只需要将你的图片.视频上传到特定的网页,就可以轻松一键在线去水印了.今天,我就来教教大家怎么在线 ...

  • 宇宙最全在线词典网站导航@GitHub

    GitHub (搜索 Dictionaryphile ) https://github.com/Dictionaryphile/All_Dictionaries 简书(搜索 Dictionaryphi ...