NCBI，从一窍不通到略知一二
进了实验室就要学会使用各种高级你看啊NCBI应该是这么用的：
1）序列查询
进入NCBI 主页：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/，在 search 后面选择 Gene，在for后面填写需要查找的基因的名字，我们用P53作为例子。
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点击进入后，可以看到大量的信息，如下图：
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按照这样的提示，我们就可以同时获得基因的mRNA，基因组DNA，蛋白序列，及功能等大量相关信息了。
2）用Map-View寻找基因的启动子
打开Map viewer页面，网址为：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/index.html， search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。我们还是用P53作为例子。
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点击“advanced search”，“Type of mapped object”选择“Gene”。
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染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。
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下面参考序列给出了很多个基因，但并不全是P53，有很多是P53结合蛋白之类的。真正的P53在17号染色体上，显示了三个基因，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。尽管分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。点击上述三条序列第一条序列（即 reference）对应的"Genes seq"，出现新的页面。点击上图出现的“Download/ViewSequence/Evidence ”，即下载查看序列等功能。
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先对上面这张图做点简要的说明，在 SequenceFormat（序列输出格式）后面是一个下拉式选择菜单，默认的为 FASTA 格式，还有一个是 GenBank 格式。推荐大家选择 GenBnak格式，因为这个格式提供了很多该基因的信息，而 FASTA格式只有基因序列。在 SequenceFormat 后选择 GenBank，然后点击下面的 Display，目的基因的相关信息和序列就出现在眼前了。
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在上述打开的网页中，你可以看到基因长度，基因序列，以及这个基因是如何被报道出来的等各种信息。你会看到：complement(14362..33510)，这代表了从基因的14362位开始就是转录区了，即我们常说的mRNA片断，由于内含子的存在，所以mRNA在DNA序列上分成了几段。CDS (join (15569..15650 , 16569.. 16675 , 19495..19568, 19661..19797 , 20141..20250 , 20819..20931 , 21013.. 21196, 21954..22232 , 22342..22363 , 22481..22554 )) 代表编码序列，即蛋白编码区是从15569开始的（ATG），由于剪接作用所以 CDS 区也是不连续的。转录起始位点前面是基因的调控区，启动子区没有明显的位置定义，大家也只是猜测它的大体位置，如果你要研究promoter区的话，建议选择转录起始位点前的2000个碱基进行研究，一般默认的是这样。当然你如果觉得长度太长不好研究的话，也可以只研究-1000 到0这一千个碱基，因为一般情况下，启动子区的变异都在这个区域内。
3）BLAST搜索序列
提到序列比对，绝大多数战友都会想到 BLAST，但 BLAST 的使用确实又是一个很大的难题，因为他的功能比较强悍，里面涉及到的知识比较多。这里只能给大家简单介绍一下用法了。首先打开BLAST 页面，http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ ，BLAST 的这个页面主体部分，包括了三部分：BLAST Assembled Genomes、Basic BLAST、Specialized BLAST。这是三种序列比对的方法，或者说是 BLAST 的三条途径。
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BLAST Assembled Genomes 就是让你选择你要比对的物种，点击相应物种之后即可进入比对页面。Basic BLAST 包含了5个常用的BLAST，每一个都附有简短的介绍。Specialized BLAST 是一些特殊目的的BLAST，如IgBLAST、SNP等等，这个时候你就需要在 Specialized BLAST部分做出适当的选择了。我们就从最简单的Basic BLAST来入手，点击Basic BLAST部分的nucleotide blast 链接到一个新的页面。
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Enter Query Sequence 部分是让我们输入序列的，你可以直接把序列粘贴进去，也可以上传序列，还可以选择你要比对的序列的范围（留空就代表要比对你要输入的整个序列）。Job Title 部分还可以为本次工作命一个名字。Choose Search Set 部分是让我们选择要与目的序列比对的物种或序列种类（genome DNA、mRNA 等等）。如果是人或老鼠的话，就可以直接选择了如果是其他物种就要选择“others”了，这时候网页会主动跳出一个下拉对话框和一个输入式对话框，你可以分别选择和输入要跟你的序列比对的序列种类和物种。下面的 Entrez Query 可以对比对结果进行适当的限制。Program Selection 部分其实是选择本次比对的精确度，种内种间等等。点击BLAST便可等待出现结果。
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结果的信息量比较大，“E value”这个指标与其他指标不同，它的数值越小相似程度越高，其他几个（如 Totle score）都是数值越高相似度越高。直接点击BLAST的结果，就可以看到找到的相似序列比对了。
其实NCBI就像是一个宝库，需要慢慢挖掘。好了，今天就介绍这点吧，大家可以慢慢消化一下先。
（本文转自实验万事屋）