你可以接受人生就是如此吗？
不知玩过《尼尔机械纪元》的玩家是否还记得，当我们到达了帕斯卡村，会遇上一位叫萨特（汉化一般为沙特，实际是萨特）的机器人吗？其实这位萨特是借用了一位法国哲学家的名字「让-保罗·萨特」。
而跟这位机器人谈话时，他第一句就会跟你说：「存在先于本质」，这一句说话，正是《尼尔机械纪元》这部作品想要带出的中心思想「存在主义」。「存在先于本质」，他的意思是说，除了人的生存之外没有天经地义的道德或灵魂，道德和灵魂都是人在生存中创造出来的。人没有义务遵守某个道德标准或宗教信仰，却有选择的自由。
简而言之，即是人的出生本来就是「无意义」。比如说，光的存在是为了照亮世界，所以它的存在有一个目的，然而人类的出生本来是没有任何理由的，所以为了寻找存在的理由，人类要为自己的存在创造价值，因此「存在先于本质」。我们先存在于这个世界上，然后再为自己赋予存在意义（即本质），这一个看似普通，并有点语无伦次的机器人中，带出了一个隐晦的支线任务，这个任务却带出了整部尼尔的主旨：「无意义」。
机械生命跟人造人，两种生命体随着时间的推进，由纯粹的存在，慢慢产生了自我意识，最后诞生出自己的人格，然后再为自己的存在制造出本质，赋予自己人生的意义。然而，这部游戏一路走下去，当你找到慢慢找到人造人存在的意义，到了最后却跟你说，赋予自己人生意义是很危险的。
游戏的一周目，我们所使用的2B，是一个奉命行事，没有情感的军人。简单而言，就是一个杀戮机器，一周目的主旨也是：「奉命行事」。人生出来就是受社会上形形式式的规范，长大就应读书，成人就应就职，军人就该战斗，过多的思考也只是徒劳无功。2B对服从军令时是这样说的，「命令就是命令，不用管这么多。」
整部游戏，2B一直扼杀着自己的感情，她也是人造人角色中唯一一位会压抑感情的，她身边的9S，专属的6O，都具备着鲜明的感情色彩。在一周目没有道出背后的原因，平平凡凡的一周目，就这样完结了。
游戏的二周目，我们使用的是9S的机体Scanner，被赋予了扫描，入侵，解读的机能。游戏流程与一周目大致无异，但过程中却有着更多的解读，我们开始能够看见更多在一周目看不到的机械生命名字。从入侵各种机械生命时，我们也都听见了各种心声，9S原本也只是一个奉命行事的机器，孤独的9S在一次地面作战中遇上了2B，「我是9S，接到负责支援你命令」，他打从心底里感到高兴，仿佛拥有了家人。在时间洪流的推进下，他会碰到各种遭遇，他会开始思考了作为一个人造人的存在价值，他找到自己的本质，其本质就是：「我要好好保护我的家人」。
先进机种的9S如同哲学家一样，一开始不相信机械生命体有感情，到最后开始研究它们。然而，在二周目的尾声，9S的好奇心令他入侵了寄叶的机密文档，手机号出售地图并与司令官对话后得知人类早已灭亡的真相，令9S一度陷入迷茫。原本9S终于找到自己的人生意义，但这个真相令到9S的本质慢慢被侵蚀，那万一失去了这份本质，9S又该怎么办呢？是否要为自己的人生意义而死吗？带着这个问题，游戏也迎来了二周目的结局：Or Not to [B]e。
游戏的三周目一开始便是寄叶部队的终末作战，带着虚构的本质，9S最终也踏上了这个战场。然而，这场战争却是游戏的一大转折点，一直潜藏在寄叶服务器的病毒大爆发，大量寄叶机体因受病毒污染而叛变。当中除了已经脱离寄叶服务器网络的9S，及叛变机体A2之外，所有寄叶部队包括2B在内，无一幸免全被病毒入侵。
2B在临终前将自己的遗志交付给恰巧遇上的A2，并请求A2手刃自己，而又恰巧被9S亲眼看见这一幕。最终9S陷入绝望，他失去了要保护的家人（本质），而更甚者，在游戏结尾里，9S在塔内得知原来人造人只是整个寄叶计划的弃子。而机械生命体一早料到先进的9S机种会存活到最后，所以一直安排伪装成「2B」的机体，「２Ｅ」- Executioner也就侩子手，在其身边进行监视及行刑的执行者。
而从游戏中以及多个小说来源中从知，其实9S也就一早知道，而且也甘愿被2B所杀，从没进行过反抗。而在后期2B下不了手时，9S更自行采取自刎的手段，以帮助2B完成任务，9S赋予了自己生存的意义，但最终又失去了自己的生存意义，在无意义的世界里挣扎，最终难逃一死。9S的口边总会挂着：「机械生命体不可能会有感情」，但人造人的核心，与机械生命体的核心，几乎是一样。
某个程度上，9S只是一直在在否定自己，9S作为本篇的主角，正正就是萨特哲学中「存在与虚无主义」的主角。他从入世的角度，找到自己的存在价值，然后慢慢意识到自己是孤独的，是没有人分担的，自己的感受只有自己会体验到，旁人只能以同理心来稍微了解他的内心世界。所以9S由一开始已经意识到，自己是孤独一人的，在这世上与任何事物都没有互相连接。而这个过程，最终会导致的，就是9S的崩溃，游戏的一开场，便是用2B这句话来总括了整个游戏的哲学。
在生与死的螺旋中，9S深深地体会到这个世界的重量，片尾曲「世界的重量 / The weight of the world」配上尼尔的剧本，堪称一绝。POD在结尾里，也都问到：「你可以接受人生就是如此吗？」。
这，就是最终结局，Ｅ结局的开端。