【Meta分析】网状Meta分析中网络证据图的绘制(R语言版)

基于严格设计随机对照试验直接比较的系统评价/Meta 分析已被公认为是评价干预措施疗效的最高级别证据,称为传统系统评价/Meta 分析,而在临床实践中,经常会碰到许多不同干预措施的疗效差异尚无直接比较研究的证据,或虽有直接比较研究证据,但相关研究数量较少或质量较低。当直接研究证据缺乏时,可通过对比共同对照措施进行间接比较,直接研究证据不足时,可合并直接证据和间接证据增加证据的可信性,而这种合成间接证据与直接证据进行不同干预措施排序比较的方法被称作网状Meta分析,在接下来的推送中,我们将转载逍遥君自习室介绍网状Meta分析的相关内容供读者学习。
前面我给大家介绍了网状meta分析的相关知识:
同时也介绍了怎么用stata绘制网状Meta分析网状图(网状Meta分析中网络证据图的绘制(Stata版)),今天我们继续来学习,给大家介绍在R语言中绘制网状图的方法。
首先我们需要准备好数据,数据跟上次演示的数据一样,在公众号后台回复“网络meta”获取数据。
连续性变量:有5种治疗方法,这里用1,2,3,4,5来代替
二分类变量:有4种干预措施,这里用1,2,3,4代替。
下面介绍用R绘制网状图的步骤,关于R和Rstudio的安装就不再介绍了,前面的文章都写过。
1. 我们打开Rstudio,第一步仍然是设置工作路径,然后把数据文件都放到路径文件夹下。
在R语言里设置工作路径为D盘data文件夹。
2. R语言进行网状Meta分析主要就是通过件gemtc 程序包调用对应的 rjags 程序包来执行的,所以第二步需要安装gemtc包,并且调用gemtc和rjags
3. 导入数据,分别导入连续性变量和二分类变量,注意数据格式为csv格式。导入后分别赋值为plotdata1(连续性变量)和plotdata2(二分类变量)
导入后在data中可以看到数据。
4.设置标签,连续性变量有5种干预措施,分别定义为A,B,C,D,E五种治疗,赋值为treatments1。二分类变量有4种干预措施,分别定义为F,G,H,I四种治疗,赋值为treatments2
5.绘制网状图,分别绘制连续性变量和二分类变量的网状图。
连续性变量:注意红色标注的部分,注意和二分类变量区分。每一行都有对应的功能说明,可以自行修改。
执行后即可绘制出下面的网状图
二分类变量:代码跟上面的一样。
执行后即可绘制出下面的网状图
这里要提到的是,如果样本量非常大,建议把上面代码中的样本量加权节点代码(下图)删除掉,不然做出来会非常紧凑。节点加不加权不影响论文的发表。
通过修改代码里的数值可以进一步修正网状图,也可以导出为PDF后在Adobe illustrator里修改。
在AI软件中可以对线条、节点、标签进行各种修改。
好了,今天的分享就到这里,网状图相信大家已经会了,下一期会介绍网状meta分析下面的步骤。

本文作者

逍遥君:南京医科大学博士,主治医师,发表论文20余篇,第一作者或通讯作者SCI论文8篇,主持国自然及各级别课题多项,著有《逍遥君说科研系列课程》,主讲Meta分析、基金标书、论文写作,丁香园、募格学术特约讲师,同时具有多年基金、股市、P2P、数字货币投资经验。

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