免疫相关基因预后标志物方向4.8分生信思路

研究背景:

肝细胞癌(HCC)与免疫微环境密切相关。为了在治疗之前确定有效人群,建立预后免疫生物标记对于早期HCC诊断和治疗至关重要。

研究方法:

将三组免疫相关基因(IRG)整合在一起以鉴定重叠的IRG。进行加权基因共表达网络分析,以获得与生存相关的IRG。此外,通过LASSO Cox回归分析构建了预后免疫评分模型。然后评估免疫评分的预后性能。另外,应用ESTIMATE和CIBERSORT算法探索免疫评分与肿瘤免疫微环境之间的关系。

研究结果:

从788个重叠的IRG中鉴定出的总共335个IRG与HCC的生存有关。确定了预后免疫评分模型。Kaplan-Meier生存曲线和时间依赖性ROC分析显示,通过多重验证,免疫评分标记具有强大的预后性能。此外,与其他预后特征相比,免疫分数特征显示出更好的预测能力。基因集富集分析显示高和低免疫评分组之间存在多个信号差异。此外,免疫分数与肿瘤微环境中的多个免疫细胞和免疫浸润显着相关。

研究结论:

我们将免疫评分确定为预测HCC患者生存的可靠指标。

分析内容:

1、从TCGA、GEO、ICGC下载数据,提取免疫基因矩阵,利用WGCNA确定与生存相关的免疫基因

2、利用筛选出的生存相关的免疫基因构建模型,计算风险评分,并绘制相关散点图和生存曲线,模型验证,进行临床因素与风险评分的相关性分析

3、根据风险评分的高低组进行差异分析,确定相关的差异基因,并进行功能分析

4、分别进行免疫评分、基质评分、肿瘤浸润免疫细胞与风险评分的相关性分析

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