预后分析最佳cutoff值计算工具

在大家进行科研工作的过程中，拿到一个基因，获取表达量后，总要先与预后来一波分析。分析过程中势必会涉及到分组，说到分组，肯定是老生常谈的以中位值，平均值，抑或是3分位数来进行。但是如果这样分组后预后依旧没有意义呢？就能说这个基因的表达与预后就真的没有关系嘛？

当然不能。那么有没有一种方法，能获取预后的最佳cut-off值，继而能够很好的区分呢？当然有，今天小编就给大家介绍一个软件：X-Tile。是耶鲁大学开发的一个小工具，不用复杂的代码，只需点点点几步，即可快速实现寻找截断值。而原理非常简单，就是“枚举法”，即以不同的值作为截断值分组进行统计检验。

根据官网，打开，下载该软件

具体得下载安装就不多介绍啦，这个想必大家都会，下面我们直接从操作开始进行介绍。

双击打开X-tile软件，点击Analyse，进入。

根据下图所示顺序，点击file-Open，依次打开，导入分析数据。

注：这里导入txt格式，主要包含3个变量：基因表达，生存状态及生存时间。当我们想查看多个基因的表达的最佳cut-off值时，不必分批次上次，都写在一个文本文档就行，下面我们就以2个基因进行简要展示。

数据导入后，如下图所示。点击左侧任一变量，在中间可显示变量的具体数值。将生存时间及状态依次放入右侧框（点击Load），选择要分析的geneA，放入Marker1，Marker2空着即可。（当要分析geneB时，加载到Marker1的位置即可）

点击左上角的Do，Kaplan-Meier，Marker1。

进入以下结果页面。

鼠标置于直方图的不同位置，上面表中即可以鼠标所在位置为截断点分成两组，进行log-rank检验。右上方为P值，右方为生存曲线图。

我们可以发现，出来的图片挺丑，不过我们可以利用这个软件找到最佳cut-off值，然后再通过其他绘图软件来进行更好的展示。