IGV-基因组浏览器-改造记录(三)
写在前面
前面已经做了两次IGV浏览器的改造。在进行第二次改造后,我们会发现一个明显的需求。即,二级结构上同时附加每个碱基的测序深度(类似表达量),那么将能更好的帮助判断miRNA或者特殊的sRNA二级结构。
于是,在忙碌了数日后,我们又进行了一次增强。
展示二级结构的同时展示位点测序深度
一开始,这是一个相对复杂的事情,但事实上也是简单的事情。
复杂在于:序列是基因组的,而参考的基因组,只有一个;而测序深度是针对每个数据集不同的。
这个就意味着,同时展示结构域信息和测序深度信息,是一个直接不可调和的事情。
解决办法,前述不可调和,主要原因在于我的思维被RegionOfInterest的RNAfold实现限制。事实上,我们只需要对每个数据集合开放菜单接口即可。
使用
调整到进行Fold的区间(独立于RegionOfInterest)
在ReadLenTrack上调出菜单
鼠标右击ReadLenTrack,即可看到菜单
点击则会弹出Fold窗口
分别点击,可看到推文最初的图片
图片说明
从图片中科看到,
左侧是IGV窗口,按照正常IGV浏览器操作即可
右侧上端是当前链折叠的结果;下端是反向互补链折叠的结果
鼠标在IGV窗口移动的同时,竖线会指向某个碱基位置,同时,对应的折叠窗口会高亮对应的碱基。(图中,碱基A,对应正向折叠窗口红圈高亮碱基A,对应反向折叠窗口红圈高亮碱基U)
凡是有reads覆盖的碱基位置,外圈为橙色,否则为黑色
覆盖率高低在折叠窗口上以红色的深浅程度表示
写在后面
改造和增强是没有终点的,只是这个改造或者增强是否确实存在意义。
前述的两个改造推文均有朋友问到需要这个版本,
那么请联系园艺植物小分子RNA与基因组研究-夏瑞课题组
课题组主页:http://xialab.scau.edu.cn/
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