MRM/PRM定量蛋白组学分析实验流程
MRM(Multiple Reaction Monitoring)是一种研究目标蛋白分子的靶向定量蛋白组学研究方法。MRM基于目标分子的信息，有针对性的选择数据进行质谱数据采集，对于符合目标离子规则的信号进行采集，去除不符合规则的离子信号的干扰。MRM质谱分析经过三个阶段：1, 通过MS筛选出与目标分子特异性一致的母离子; 2, 碰撞碎裂这些母离子，去除其他离子的干扰；3, 只对选定的特异MS/MS2离子进行质谱信号的采集。MRM质谱技术是高精准度的蛋白定量鉴定技术，是一次性精准定量研究复杂样品中多个目标蛋白的绝佳方法。如果借助同位素标记的目标肽段作为内参，可以实现蛋白绝对定量鉴定。
MRM/PRM定量蛋白组学分析实验流程
MRM技术特点
· 灵敏度高，经过两级质谱选择与目标离子一致的离子，排除干扰离子，极大提升信噪比，提高检测目标离子的准确度
· 通量高，一次性可以鉴定多达200多个蛋白
· 可以进行绝对定量分析，无需依赖抗体
· 高精准度鉴定低丰度蛋白，定量范围跨4个数量级
MRM技术应用领域
· 对Label-free等非靶向蛋白组研究结果验证
· 对多个蛋白质／肽段同时进行绝对定量研究
· 研究同源度较高，但缺乏特异识别抗体的蛋白家族变化
· 蛋白翻译后修饰定量研究
· 生物疾病靶标绝对定量研究
MRM分析样品要求
MRM技术服务生物信息学分析
· MRM谱图分析，蛋白质数据质量评估
· 多组分样本PCA分析
· 鉴定的蛋白功能注释：GO功能注释、 KEGG功能注释和COG功能注释
· 差异表达蛋白统计分析：韦恩图、火山图（Volcano Plot）
· 差异表达蛋白聚类分析：层次聚类、K-means聚类
· 差异蛋白相互作用分析：基于STRING 数据库进行蛋白互作网络分析
SRM/MRM的应用
· 验证iTRAQ差异蛋白；
· 验证无标记差异蛋白后续产物；
· 多肽和蛋白质绝对定量；
· 量化疾病指标，建立诊断模型；
· 磷酸化蛋白定量，甲基化蛋白定量；
· 其他翻译后修饰蛋白质定量；
· 通路定量分析。