Nature Microbiology | 通过单细胞病毒标记来定义人类肠道宿主-噬菌体网络
推荐：江舜尧
编译：灵筠
编辑：十九
文章摘要
不依赖于传统培养的测序分析技术不断进步，病毒的发现也因此正以前所未有的速率进行。其中鉴定这些最近鉴定但未经培养病毒的宿主也是重要的研究目标。为此，我们采用了病毒标记方法，该方法不需要传统培养，通过荧光标记的病毒粒子吸附到未标记的细菌宿主细胞，然后将其单独分选为宿主-噬菌体对，再进行基因组扩增和高通量测序以鉴定宿主和附着的病毒。该研究展示了使用粪便微生物组的单细胞病毒标记，包括人类受试者之间病毒和细菌的交叉标记。总共预测363个宿主-噬菌体配对，大多具特异性，且包括了之前未鉴定的病毒，尽管多数细菌宿主具有已知的分类。这些配对中有五分之一是由多个单细胞病毒标记的。在宿主-噬菌体网络明显缺乏靶向多种细菌的病毒，结果表明噬菌体不是人类肠道中跨物种水平基因转移的主要载体。尽管受试者具有特异的病毒特性，但来自不同受试者的噬菌体和细菌间存在高度的交叉，这对粪菌移植治疗（FMT）具有启示意义。
文章中重要图片说明
图1 | 方法开发
图2 | 宿主-噬菌体分类鉴定的流程图
图3 | 在多个SAG中检测到的病毒簇的实例
图4 | 从11个受试者获得的粪便宿主-噬菌体网络
图5 | 粪便宏基因组中的宿主-噬菌体比率
图6 | 4个受试者之间的交叉单细胞病毒标记
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