热图聚类位置不如意？你动手调啊...
这或许是一个减少你抓狂状态发生的操作。
写在前面
正如上图，左右其实都是一组数据出来的图片，基因之间的聚类关系是完全相同的，但展示的位置是不一样的。这个功能，其实我很早就已经间接实现了。这个操作实现，其实是一件比较麻烦的事情。这几天陆续有看到一些提问，猜想，或者是同一个人换了不同QQ号？还是要提交毕业论文了，大家着急？
我个人比较有信心的是，目前现行热图绘制工具中，完全不存在支持这个操作的。因为支持这个操作的，不是简单的热图绘制工具，而是相对高级的进化树可视化工具。
无论如何，由于操作起来看起来似乎有点繁琐，但我还是决定直接写一个推文，主要分两大块：
如何手动调整TBtools中聚类的位置（而不改变聚类关系）
为什么在TBtools中实现这个操作需要两步
如何手动调整TBtools中基因聚类位置
首先，要有一张热图
然后要有聚类关系
可以看出来，这里是两个分支，于是，your boss说：
某某，请你把高表达的放到下面，这样有利于我们阐述生物学故事
此时你应该是鼠标移动到空白处，右键双击
于是你进入了TBtools的高级用户阶段，因为你终于知道如何打开隐藏开关，可以明显看到进化树上存在很多隐藏元件。鼠标找到你想要的分支主节点。我们此时想要的是调整大分支。双击该隐藏元件
点击一次Flip菜单（此时，可能你要鼠标滚轮一下；当然你不打开隐藏元件边框的情况下，能直接找到分支也可以），滚轮后，你可以看到
分支关系已经调整，但是热图并没有调整过来。于是，你继续双击隐藏元件（你不需要用鼠标右键双击空白来显示隐藏元件，因为你大概知道，其实机关就在哪里，只是你看不到，由他，点就是了。）
随后点击"Get SubTree.nwk"，
此时，你的电脑剪切板中已经保存了newick文本，回到主界面
黏贴进化树，随后点击绘图，可以得到以下
小结以上，可以用下图来展示效果
同样的操作，你可以调整小分支，直到你喜欢位置。（但是，注意，聚类关系是永远改变不了的，改变的只是展示顺序）
我当然相信，用户总是比我更知道如何使用TBtools，绘制出更好看的图片。
为什么调整一个聚类位置似乎很繁琐？
其实在前面已经提到，即，这个关系到程序实现的问题。我们都很清楚，调整位置事实上，是一个相对不常见的需求，尤其是当他出现在热图的绘制上。以我个人的认知，目前确实并不存在热图绘制工具支持这个调整（当然，很可能是我个人用的软件太少）。
为什么我会有这个想法。其实比较简单，
热图工具，往往是以热力图为导向来实现的，目的是展示数值的变化；而聚类，本身就是一个附属功能。
聚类树位置和顺序的调整，往往是存在于进化树可视化软件的。目的是，更好地展示进化顺序。而其中，展示热力图，本身是一个附属功能。
从程序的实现逻辑来看，其实最好的做法是，当热力图要带上聚类关系是，以进化树为导向来实现。先放出我个人的关于程序实现的两个想法：
好的程序，要求的是高内聚，低耦合。我一直在努力。从JJplot到JJplot2再到现在的JIGplot。是一个从重到轻的变化（不是进化，因为这三个绘图引擎，我都是从零实现的，相互间的实现逻辑和思想几乎是完全不同）。很明显，JJplot早已不见踪影。JJplot2还活在TBtools的少量工具中，但是绘图不好实现，且交互性很差。回到主题，两个定义：
很重的操作：意思就是，写了一堆代码，只是实现一个特定的功能，没有复用价值
很轻的操作：意思就是，写了一块一块的代码，随时组合，就鞥实现不同的功能。
为什么这么说？这涉及到一个交互的问题。如果只是静态地同时展示，那么是比较简单。树图可以是一个Panel，热力图也是一个Panel，对齐就行了（目前你看到的大多数工具，可能就是这么一个操作）。一切，都是很轻的操作。
但是，交互式地同时展示，那就完全不同。一切以进化树的位置来直接调整热力图的位置...这个其实是很重的一个操作。因为一切元件，并不是在独立的Panel，而是在同一个Panel。这个Panel，只能用一次！！！这个对程序编写者来说，似乎性价比太低。
写在后面
OK，有的话多说了。中午休息时间也用完了。干活去啦。
题外
课题组每年暑期有内部生信入门培训，主要是对实验室新生开展（以及湿实验为主的成员）培训。一直有收到其他课题组想要了解我们课题组生信数据分析的想法。故，在博导的提议和课题组的讨论后，我们近期计划，在本年度暑期（7~8月份之间）对外增设生信基础培训名额10枚（前面每年只是课题组内培训，而不对外）。具体请见https://mp.weixin.qq.com/s/OtmeTErd9f9rvjJPtBKjMw
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园艺植物小分子RNA与基因组研究-夏瑞课题组
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