茶丽纹象甲转录组
第一作者
Xin Xie
第一单位
贵州大学
通讯作者
Xiangyang Li
Abstract
背景+问题：Myllocerinus aurolineatus Voss is a species of the insecta class in the arthropod. In this study, we first observed and identified M. aurolineatus Voss in tea plants in Guizhou, China, where it caused severe quantity and quality losses in tea plants. Knowledge on M. aurolineatus Voss genome is inadequate, especially for biological or functional research.
主要研究：We performed the first transcriptome sequencing by using the Illumina Hiseq™ technique on M. aurolineatus Voss.
结果1： Over 55.9 million high-quality paired-end reads were generated and assembled into 69,439 unigenes using the Trinity short read software, resulting in a cluster of 1,207 bp of the N50 length. A total of 69,439 genes were predicted by BLAST to known proteins in the NCBI database and were distributed into Gene Ontology (20,190), eukaryotic complete genomes (12,488), and the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (3,170)..
结果2：We also identified 96,790 single-nucleotide polymorphisms and 13,121 simple sequence repeats in these unigenes.
结论：Our transcriptome data provide a useful resource for future functional studies of M. aurolineatus Voss for dispersal control in tea plants.
摘 要
茶丽纹象甲是节肢动物中的一种昆虫。在这项研究中，我们首先在中国贵州的茶树中观察并鉴定了茶丽纹象甲，它在茶树中造成了严重的产量和质量损失。目前对茶丽纹象甲基因组的研究不足，特别是对于生物学或功能研究。我们通过使用Illumina Hiseq™技术对茶丽纹象甲进行了第一个转录组测序。产生了超过5590万个高质量的pair-end reads，并使用Trinity将其组装成69,439个基因，N50长度为1,207 bp。共有69,439个基因能够比对到NCBI数据库中的已知蛋白质，并且分成GO（20,190个），真核完整基因组（“ 12,488个”）和KEGG（3,170个）中。我们还确定了这些单基因中的96,790个单核苷酸多态性和13,121个简单的序列重复。我们的转录组数据提供了有用的资源，可用于将来对茶丽纹象甲的功能研究，以控制茶树中的扩散。
doi: https://doi.org/10.3389/fsufs.2021.631990
Journal: Frontiers in Sustainable Food Systems
Published date: 01 March 2021
END
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