清除了宗室的威胁后，刘彧又开始对朝中大臣动手，包括平叛功臣。当初，吴喜前往讨伐响应寻阳政权的会稽时，向刘彧承诺道：“如果俘虏寻阳王刘子房与贼寇的将领，就当场诛杀。”然而，活捉刘子房后，吴喜并没有当场诛杀，而是将其押送建康，还释放了吴郡太守顾琛等。因他新立大功，刘彧没有追究，却怀恨在心。等到攻克荆州，吴喜大肆抢劫，贪赃以万计。寿寂之被杀时，吴喜正任淮陵太守，督豫州诸军事，他听说后十分恐惧，上书请求调任中散大夫，刘彧由此断定他不老实。泰始七年（公元471年）七月，有人暗中指控萧道成在淮阴私通北魏。刘彧用银壶装酒，加上封条，派吴喜亲自送给萧道成。萧道成惊恐不已，打算逃走，吴喜把实情告诉萧道成，并且先饮下一些，萧道成才敢喝下。回到建康，吴喜向刘彧保证萧道成绝对忠贞。有人将这些情况密告刘彧，刘彧更加恼火，认为吴喜计谋太多，又素有人缘，恐怕不能侍奉幼主，终于下定杀心。这天，刘彧将吴喜召入内殿，纵情闲谈，间或打趣开玩笑，装得十分亲密。吴喜告辞后，刘彧又赐他名菜，接着命他自杀，但仍下诏颁发丧葬费用。吴喜是平叛功臣，无缘无故被杀，难免引起群臣猜忌，刘彧为此给刘勔等功臣下了一道诏书，解释他为什么要这么做，诏书曰：
“吴喜轻浮狡狯，变化万端，专会收买人心。大明年间，黟县、歙县有亡命徒数千人，攻击县城，杀戮官员，刘子尚派三千精锐前去讨伐，但两次都被击败。孝武帝命吴喜率领几十人抵达县城，游说诱降群贼，群贼立即归降。诡秘蛊惑之人，才能如此。泰始初年，朕命吴喜东征，他只带三百人，竟能直入三吴，自破冈以东直至大海共十郡，全部荡平。百姓听说吴喜到来都望风自退，如果不是多年来赢得三吴人心，怎能使他们如此心服。以吴喜之心，绝不会尊奉正统君主，坐失千载难逢的良机！譬如吃药，当人发冷时，应服热身之药；当人发热时，应服退热之药。朕并非忘掉他的功劳，而是迫不得已罢了。”
这道诏书简直把皇帝的自私暴露无遗，尽心尽力平叛时夸你足智多谋，等到平定叛乱，你就成了诡计多端，正所谓狡兔死、走狗烹。
七月二十二，刘彧把淮阴划归北兖州，借机征召萧道成回京。萧道成的亲信认为朝廷正在诛杀大臣，劝他拒绝征召。萧道成道：“你们还没有看透当前的形势啊，皇上因太子年幼，所以翦除兄弟，跟别人无关。现在必须立即出发，若延误观望，一定受到猜疑。而且，骨肉相残，政权势必难以长久，大祸将临，各位要与我同心协力。”回到建康后，刘彧果然没有杀他，还以他为散骑常侍、太子左卫率。刘彧之所以没杀萧道成，大概就是念在他能够毫不犹豫的回京吧。对付疑心太重的人，只能这样冒险。八月初四，刘彧病势转轻，宣布大赦，屠杀宗室的行动暂时停止。
是年秋，刘彧命北琅邪、兰陵二郡太守垣崇祖经略淮北，垣崇祖自郁洲率数百人进入北魏境内七百里，占据蒙山。
十一月，北魏东兖州刺史于洛侯率兵攻打蒙山，垣崇祖孤立无援，无奈返回。从此以后，刘宋再也没有对收复失地采取过行动。
不久，刘彧心血来潮，将潜邸改为寺院，称湘宫寺，装潢修建，极为壮观华丽，一开始准备兴建十层佛塔，因难度太大，便修成两座。新安太守巢尚之解除职务后，回京朝见，刘彧对他道：“你去过湘宫寺吗？那可是朕的大功德，花了不少钱。”当时，通直散骑侍郎虞愿正在旁边侍立，怼道：“那是百姓用卖子卖妻的钱所建，佛陀如果有灵，慈悲为怀，当哭泣哀叹。罪恶高过佛塔，有什么功德可言！”此言一出，在座的人全都脸色大变，刘彧大怒，命人将虞愿驱逐出殿。虞愿从容离开，面无惧色。刘彧酷爱围棋，但棋艺非常拙劣，常跟围棋国手彭城丞王抗对弈。王抗常常暗中让着他，刘彧始终不知内情，对围棋越发爱不释手。有一天，虞愿忍不住道：“围棋是尧用来教他儿子丹朱的玩艺儿，不是人主所应嗜好的。”刘彧怒不可遏，但念在他是王府旧臣，终究没有治罪。从这个角度来说，刘彧的本性并不差，只是身居皇帝之位，不得不心狠手辣，对于那些威胁不到自己权力的人，则能保持理智。王景文一直为家门过于富贵而深感忧虑，屡次辞职，刘彧都不准许。然而，刘彧却因王景文是外戚，地位高贵，家族昌盛，而孝昌侯张永长期率领大军，怀疑他们将来难以信任，于是亲自写了一首歌谣警告他们，其中有曰：“一士不可亲，弓长射杀人。”王景文越发恐惧，再次上书请求辞去扬州刺史，情意恳切。刘彧还是不批，却下了一道意味深长的诏书，曰：“一个人身居尊要，只看他存心如何罢了。大明之世，巢尚之、徐爰、戴法兴、戴明宝不过是个侍从，权力竟大于人主。而今，袁粲任仆射兼管吏部，人们却不知道他是谁。袁粲升为尚书令时，没有人猜疑他，人们亲近他，他却平静如常，以这种态度身居高位，难道会感到惶惶不安吗？用尽心机避祸，不如听候命运的安排，兴衰存亡，道理相同。”刘彧的言下之意是，只要你问心无愧，无论官居何职都无需惊慌。从道理上说，刘彧之言无可辩驳，但问题是，你喜怒无常、随意杀人，却让别人保持淡定，这不是明摆着把大臣当做奴隶吗？有一天，刘彧梦到有人向他告发：“豫章太守刘愔谋反。”睡醒之后，刘彧立马派人前往豫章杀了刘愔。简而言之，我可以随便杀你，但你不许害怕，更不能躲，这就是刘彧的逻辑，也是所有专制皇帝的逻辑。
