10X单细胞转录组数据都分析那么多了,实验过程要不要了解一下
在教程:使用seurat3的merge功能整合8个10X单细胞转录组样本 和 seurat3的merge功能和cellranger的aggr整合多个10X单细胞转录组对比 我其实展示了如果10X的样本效应被去除,应该是什么样的效果。还有10X建库的时候混样的例子,明天我们再介绍。
也有从建库测序的fastq数据走cellranger流程的详细教程,如下:
得到表达矩阵标准3个文件,再走前面的下游分析教程。不管是上下游,都是数据分析阶段了,难道你不感兴趣你分析的数据是如何产生的吗?
联川生物的单细胞组织消化解离的详细步骤视频
圈内好友推送了联川生物的单细胞组织消化解离的详细步骤视频,希望本视频能够给那些在组织消化和单细胞悬液制备遇到困难的实验室小伙伴以启示,部分细节镜头停留时间较长。
本视频以10×Genomic平台的单细胞转录组为例,涉及的主要实验步骤都记录在了视频中,步骤包括
1. 文献资料查询,样本解离方案确定;
2. 样品接收(样品接收时的温度检测记录);
3. 组织解离器具准备;
4. 组织剪切和清洗(去除血渍等,剪切程度,过筛);
5. 酶液中组织的消化(组织转移,水浴,计时,中间观察);
6. 离心收集细胞(离心);
7. 去除死细胞提高细胞活率;
8. 自动化细胞技术仪对细胞进行计数;
9. 10×芯片进样操作和上机操作
10. 生成的GEM(油包水)转移回收
视频获取方式
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