你行!| TBtools 可视化 Batch SMART 的结果
Batch SMART 是 TBtools 的 插件一号。发布之后,感兴趣的人确实很多。说实话,不需要去看邮箱里增加多少邮件,也不需要QQ群里有多少人反应。只看 SMART 网站现在的负载就知道了。在前几天,我最多排位到 position 3【注:其实前两个任务也是我的】。然而今天只要提交序列,一定是 position 10 开外。难道,大家都知道 SMART 好,然而确实没有便捷的方法去批量化,于是压抑太久?
补充,推文写完了,收到一个用户的邮件,看了下报错信息:
..... It's all my fault?!
写在前面
Anyway,正如前面推文所述,Batch SMART 事实上即一个模拟网页提交的脚本/爬虫。其运行主要依赖于网站的任务负荷。如果确实用的人太多,不知道会不会存在可能把 SMART 搞崩溃。不过,这并不是我需要关心的事情,我已经充分限制了 Batch SMART 的提交和获取时间间隔。
目前收到的问题主要有两个,其他的都不是问题,因为我不想解决,也没必要,看手册就行。
突然弹出黑框
Emmm... 这种情况,很难发生。但是一旦发生,只能说明你的网络存在问题。或者是网速太慢,导致无法保持跟SMART的通讯,然后就结束。网络问题,没有解法。遇到这个情况,最好的方式是:
查看结果文件中运行到哪个ID,删掉最后这个ID的结果
将这个ID前面的所有 ID对应的序列从查询文件中过滤掉,用 TBtools 的 Fasta Filter
得到的过滤后的 Fasta 文件,继续查,注意网络别太差,这个救不了。
不知道怎么可视化....
SAD,事实上,TBtools 提供了一个我个人认为相对完美的通用的批量的生物序列可视化工具,即
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