插件 | 超快！全基因组 Dot Plot

写在前面

比较基因组分析中，常常会使用基因点阵图来查看大体的基因组共线性情况。基于我个人的认知，点阵图可能有几个用处：

1. 确定共线性区块有无和情况

2. 观测WGD，Segmental Duplication等事件

3. 从某种程度上可以看看组装效果几何

4. 进行不同的点着色方案，可以做更多的判断

5. ....

既然功能这么多，那么绘制这个点图就显得非常有趣。前述，TBtools 已经推出过 Genome Dot Plot，可以实现自定义的基因组点图绘制。当然，这个足够方面，也可以自定义。其实还是很不错。但是，他仍然不够优秀。主要有两个缺点：

1. 用户需要准备输入文件，步骤繁琐

2. 运行不够快，耗时较长

3. 没有更好的着色方案，不够好看

Quick Genome Dot Plot

思来想去，实在不爽。于是，我又动手写了 Quick Genome Dot Plot，旨在....让任何人可以接触到Genome Dot Plot。从某种角度来说，与 做得到和做不到 相比 知道和不知道 ** 常常更为重要。
以插件的形式，分发Quick Genome Dot Plot**。

感兴趣的目前需要的 TBtools 使用交流QQ群下载。
随后安装

插件的使用

打开插件

根据插件上输入文件提示信息，进行输入

事实上，这个输入跟 OneStepMCScanX 完全一样（....因为我就是直接拿的那个界面来用）
设置好之后，点击 Start 即可

同一个物种内部比较

我们拿水稻和水稻自己来比较，全基因组复制事件还是比较明显

看起来参数可以稍微调整，比如 Hits 数目 和 e-value 等，于是清晰得多

再拿菠萝和菠萝自己比较（回到默认参数）

最后，拿水稻和菠萝比较下，于是可以明显观测到 水稻相比于菠萝，多了一次 WGD（其他的...忽略...这里不展开）

写在后面

高效，优雅！不过，能不能看出啥，怎么看出啥，关键还是看大伙自己能力了。