1 wes相关软件下载与安装并添加环境变量

1创建wes环境

先下载安装conda，因为它是.sh文件，直接bash即可，然后

conda create -n wes python=2 bwa
conda info --envs
source activate wes#激活wes环境

2 所有需要的软件安装在wes环境下

conda install sra-tools
conda install samtools
conda install bcftools
conda install vep
conda install snpEFF
conda install multiqc
conda install qualimap

可以一次性安装

conda install -y vep bcftools multiqc

下载gatk4，用迅雷下载比较快。GATK4下载地址
或者直接wget下载（我的速度慢）

wget https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.1.2.0/gatk-4.1.2.0.zip

下载完成或迅雷下载复制到gatk4文件夹，解压

$ unzip gatk-4.1.2.0.zip
$ cd gatk-4.1.2.0
$ ./gatk

注意，需要下载100G的必备数据才能使用GATK。

3 gatk加入环境变量

$ echo 'export PATH=/home/kelly/biosoft/gatk/gatk-4.1.2.0/:$PATH' >>~/.bashrc
$ source ~/.bashrc
$ gatk --help