1 wes相关软件下载与安装并添加环境变量
1创建wes环境
先下载安装conda,因为它是.sh
文件,直接bash即可,然后
conda create -n wes python=2 bwa
conda info --envs
source activate wes#激活wes环境
2 所有需要的软件安装在wes环境下
conda install sra-tools
conda install samtools
conda install bcftools
conda install vep
conda install snpEFF
conda install multiqc
conda install qualimap
可以一次性安装
conda install -y vep bcftools multiqc
下载gatk4,用迅雷下载比较快。GATK4下载地址
或者直接wget下载(我的速度慢)
wget https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.1.2.0/gatk-4.1.2.0.zip
下载完成或迅雷下载复制到gatk4文件夹,解压
$ unzip gatk-4.1.2.0.zip
$ cd gatk-4.1.2.0
$ ./gatk
注意,需要下载100G的必备数据才能使用GATK。
3 gatk加入环境变量
$ echo 'export PATH=/home/kelly/biosoft/gatk/gatk-4.1.2.0/:$PATH' >>~/.bashrc
$ source ~/.bashrc
$ gatk --help
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