学徒作业：给你8个甲基化探针， 你在tcga数据库进行任意探索

我喜欢把TCGA数据库的应用划分为8个领域：
  • 1、探索各类肿瘤不同临床特征（性别、年龄、种族、临床分期）的预后（生存曲线）
  • 2、探索各类肿瘤与对照的单个分子（mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白）水平的差异情况（箱线图）
  • 3、探索各类肿瘤与对照的全局（mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白）水平的差异情况（差异分析流程）
  • 4、探索各类肿瘤中两个分子（mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白）水平相关性（散点图）
  • 5、探索各类肿瘤中多个分子（mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白）水平总结（热图）
  • 6、探索各类肿瘤中单个分子（mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白）与所有其它分子相关性并且排序
  • 7、探索各类肿瘤中单个基因突变或者单个分子（mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白）水平的预后（生存曲线）
  • 8、探索各类肿瘤不同临床特征（性别、年龄、种族、临床分期）分组后的单个分子（mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白）特性的分布
前面我已经把一百多位优秀本科生带入了生物信息学的大门，接下来五年该大家奉献自己的博士成果了。如果大家感兴趣秀本科生活动， 已经带领了近100名优秀本科生了解生物信息学相关毕业设计：这120万我就不要了，送给500名优秀本科生，符合条件的继续报名哈！
我组织的第一个活动是文献分享，第二周是关于ctDNA里面的甲基化在癌症诊断和预后的，都是中山大学肿瘤医院的大文章。
我看到了他解读的时候，两个癌症，都是定位到了一定数量的基因集，如下：
还有
现在就给大家一个学徒作业：
就是上面两个列表的分别是8个和9个甲基化探针，你想办法去理解和制作图表。开放式作业，不要问我我想要什么样的结果，而是你能做到什么结果。
TCGA数据库是目前最综合最全面的癌症病人相关组学数据库，包括：
  • DNA Sequencing
  • miRNA Sequencing
  • Protein Expression array
  • mRNA Sequencing
  • Total RNA Sequencing
  • Array-based Expression
  • DNA Methylation
  • Copy Number array
知名的肿瘤研究机构都有着自己的TCGA数据库探索工具，比如：
  • Broad Institute FireBrowse portal, The Broad Institute
  • cBioPortal for Cancer Genomics, Memorial Sloan-Kettering Cancer Center
我们这里推荐大家使用的网页工具主要是：
  • https://www.cbioportal.org/index.do
  • https://xenabrowser.net/heatmap/#
  • http://ibl.mdanderson.org/tanric/_design/basic/index.html
  • http://mitranscriptome.org/
  • https://gdac.broadinstitute.org/
  • http://mexpress.be/

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