不在一个维度讨论-对不起Y叔
Y叔选择在11点之前发帖，那么就是要我回咯~~~
我真心不想讨论未被KEGG数据库收录的基因是否应该在做超几何分布检验的时候被丢弃掉，因为在Y叔给我他的博客的时候，http://guangchuangyu.github.io/2014/08/why-clusterprofiler-fails/
看完全文其实我已经明白了Y叔说丢弃掉那些没有被注释到的基因的理由了！
我没办法判断Y叔正确有否，我只知道他说的有他的道理！
一个基因除了可以是属于一个通路，不属于一个通路，还有可能是未知的，应该抛弃，因为考虑它只会引入误差，这没毛病！
但我也有我的看法，把KEGG数据库所有通路的基因取一个并集，叫做通路注释基因集，用它来过滤背景基因和差异基因也并不可取。就像Y叔说的，未知的基因可能属于也可能不属于我们想检验的通路，因为KEGG对一个套路的注释并没有达到完整状态！
那如果这样说，其它通路的基因难道就不能属于这个通路吗？
不在这个通路的其它通路的基因就一定不属于这个通路吗？
如果我们如此的不相信KEGG数据库，干脆不要检验好了！
当然，这仍然不是我要争论的重点。
回答我想说的，我随机模拟的背景基因和差异基因被KEGG数据库过滤的程度是一样的，所以P值改变不大，我觉得没毛病。
Y叔的反驳点是我的随机模拟是不科学的，这样的反驳我当然不能说他是错的，可是跑题了。
就好像，我说将来我在金马伦高原买了别墅，如果一个背包客路过我的高尔夫球场，我一定会像当初请我吃饭的大叔一样，请他！
你却反驳我没有别墅，没有高尔夫球场，这~~~
我无言以，我的假设合理与否不重要，我为什么随机模拟的背景基因和差异基因，因为我只是给学员讲解超几何分布建议这个算法、
那么最后一点，也不用说了，既然我随机模拟用代码证实了P值改变不大，我当然不在意这件事咯，而不是我不想求出精确的P值。
这不一样。