什么，你感兴趣的GEO数据集没有关联到原始文献出处

一般来说，想挖掘GEO数据库的公共数据集，最后发表时候都要引用该数据集的原始文献。一个GSE数据集会关联到一个原始文献，比如：

  • https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE90604

可以看到其关联的文章是：Simultaneous miRNA and mRNA transcriptome profiling of glioblastoma samples reveals a novel set of OncomiR candidates and their target genes. Brain Res 2018 Dec 1;1700:199-210. PMID: 30176243

甚至一个GSE数据集关联更多文献，如果这个数据集被挖掘过。比如：

    当然，并不是说这个GEO数据集被多次挖掘，就一定要关联到多个文章，比如：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE4107 它其实至少被挖掘了五次。

    更严重的是有些时候，你感兴趣的GEO数据集没有关联到原始文献出处。比如：

    • https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE104267

    如下所示：

    GEO数据集没有关联到原始文献出处

    其实可以，根据作者单位，上面写的是：顾建钦. Jianqin Gu. 河南省人民医院. Henan Provincial People 's Hospital

    或者搜索 邮箱；dangyuan830307@hotmail.com  多次反复搜索，查到了对应的真实作者：Dang, Yuan  dangyuan830307@hotmail.com

    • World J Surg Oncol. 2015 Oct 1 Expression and clinical significance of long non-coding RNA HNF1A-AS1 in human gastric cancer.
    • World J Surg Oncol. 2018 Mar  Evaluation of the expression and clinical value of lncRNA AC010761.9 in human gastric adenocarcinoma.

    其实上面我举例的第一个例子最开始也是没有关联文献的，我当时是谷歌搜索：Sukru Gulluoglu Yeditepe University

    • https://www.researchgate.net/profile/Sukru_Gulluoglu
    • https://sg.linkedin.com/in/sukru-gulluoglu-42576827
    • https://scholar.google.com.tr/citations?hl=en&user=COkIAXYAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate

    甚至还能查到作者的其它数据集：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE88721

    我们感兴趣的数据集相关文章应该是：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0006899318304578?via%3Dihub  作者的差异分析结果是：1332 genes and 319 miRNAs were found to be dysregulated by the microarrays. 正文清清楚楚的提到了：GEO Series accession number GSE90604 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE90604).

    然后我联系了GEO官方，把这个文献关联上去了这个数据集页面。

    嘻嘻，如果你在挖掘GEO数据集的同时，也发现了那些并没有关联到原始文献的，而且你成功找到了就通知一下GEO官方哈。

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