超快超省事!统计 Fasta 文件/序列相关信息

写在前面

我经常使用一个不起眼的功能,Fasta Stat。但从未写过相关推送。主要是其使用过于简单,只要把 Fasta 序列文件放进去,点击 Start 就可以了。早上起来,突然想起了这一功能,并增加了一个相对高频的需求快捷完成选项。既然这一功能是我高频使用,那么相信他就跟序列提取功能类似。虽然不起眼,虽然是小功能,但是很实用,甚至或者是最能节约数据分析时间。
于是索性也写一个帖子

快速统计 Fasta 文件/序列 的相关信息

在日常分析中,我们常常手上会有一个 Fasta 序列文件,文件可能很小,数十 Kb,也可能很大 数十 Gb。当然,可以使用 TBtools 的 Big File View 进行快速浏览。更多时候,我们想要知道的或许是:

  1. 有多少个序列?

  2. 序列长度分布几何?比如 N50

  3. 序列 GC 含量几何?

  4. 如果是组装结果,Gaps 情况如何?
    ......

于是,你打开了 TBtools

于是看到

输入界面简单

可以看到,上述操作可以快速获得序列文件概览

获取每一个序列的统计信息

有些时候 ,我们不仅仅想要知道序列文件整体情况,我们还想知道其中每条序列的长度,GC含量等等
于是操作起来也很简单,只需要设置一个输出文件就可以

便捷操作有二

仅输出序列长度信息。事实上,这个功能比较常用,比如一些FPKM/RPKM的计算,比如Basic BioSequences View等序列结构可视化功能等。
此时只需要补充勾选Keep Only Sequence Length即可。于是上述输出文件会变成,

超快,超方便~

快速查看几/一个序列的情况。有时候,我们手上会有一个或几个序列,会想要快速查看其大体情况,比如长度。那么,直接切换输入选项到 Seq Input 即可。

写在后面

Emmm... 功能整体就这么简单。其实我甚至认为,不需要这个推文,每个人看到 这个功能也知道怎么使用。当然,这是我个人写 TBtools 时一直期望。
真正优秀的界面化工具,应该是一打开就会使用,而无需Manual。

(0)

相关推荐