【LorMe新生】韶华不为少年留,我们都是追梦人

光阴似箭,转眼间四年的大学岁月如同手中的沙了无生息的流逝。研究生是求学生涯的新阶段,也是人生旅途的新起点。选择深造,因为我们怀揣着梦想;选择南农,因为这里是圆梦的舞台。

记得当时面试的时候,沈其荣教授问我为什么会选择土壤微生物与有机肥团队这个方向,当时我太紧张,支支吾吾说半天,也没有表达出我想要表达的意思。其实我最开始报志愿的时候,我也很疑惑微生物组与植物组,到底哪个方向好。后来我专门去咨询了我的大学专业课老师崔秀敏老师,她跟我说了各自的优点和前景,让我自己斟酌。之后,我就确定了目标—微生物组。

被录取后,韦老师让我们先看看LorMe公众号里的文章,写一个读后感。通过这些推送文章,我了解到LorMe实验室的初心与成长历程,对LorMe有了更深刻的认识。这些文章主要涉及到根际噬菌体方向、微生物铁载体方向、根际益生元与微生物多级营养互作方向、合成微生物菌群方向、土壤抑病性的构建与管理、根际原生动物与根际健康。接下来我重点谈谈我对微生物铁载体和根际噬菌体两个方向的认识。

微生物铁载体

刚看到铁载体这三个字的时候,不免心生疑惑,铁载体是何物?为什么研究它?它到底有什么作用呢?通过对文章的阅读,了解到铁载体是供给微生物和植物吸收利用三价铁的复杂小分子转运体。关于铁载体的研究还挺多的,一方面是探究铁载体作为公共物质在根际微生物间的重要作用,以假单胞菌属为例的研究较多;另一方面是探究铁载体促进动物植物微生物生长的特性;还有一类是分析铁载体结构的,主要是针对某些特定铁载体来研究的。

铁载体对铁离子的运载过程

在读完铁载体的文章后,我最大的感受是铁载体的应用很广泛,从海洋到陆地,从动物到植物,几乎地球上的每一个角落都有铁载体的身影。而目前我们掌握的只是铁载体世界里的一小部分,对铁载体的研究还有很长的一段路要走。通过对顾少华师兄关于铁载体文章的阅读和整理,了解到铁载体与根际微生物关系复杂,师兄通过引用促进性铁载体与抑制性铁载体,揭示了铁载体在根际菌群与青枯菌共存时的重要作用。同时还注意到师兄对铁载体的研究历经坎坷,一步一步的从实验室到温室、从发酵液研究到温室盆栽试验,可以看出成果的得出不是一蹴而就的,需要的是脚踏实地稳扎稳打。非常佩服顾少华师兄的毅力与勇气,师兄对新领域的探索,是我们实验室向外扩展的关键一步。这份坚持与毅力与所收获的知识相比,前者带给我的启发可能更多一点。

根际噬菌体

在我印象里从高中就开始接触噬菌体,但我对噬菌体的认知只停留在噬菌体是感染细菌的一类病毒,除此之外,好像寥寥无几,噬菌体好像是我“最熟悉的陌生人”。那噬菌体有哪些呢,他们之间具体的互作关系是怎样的呢?

按噬菌体的生命周期可分为裂解性噬菌体和温和性噬菌体,前者侵染宿主后,导致细菌菌体裂解死亡并释放大量子代噬菌体;后者侵染细菌后,将自身的基因组整合进宿主细胞的基因组,与宿主一同复制。

噬菌体的三种常见结构

噬菌体最主要的研究方向就是噬菌体与细菌之间的互作关系。噬菌体与细菌之间主要以拮抗关系为主,部分为协助关系(如丝状噬菌体)。了解噬菌体与细菌之间的关系,必须要充分认识到它们之间的共进化。共进化动态塑造了细菌-噬菌体感染网络的结构。那到底是如何共进化的呢?

由于噬菌体与细菌是捕食者与被捕食者的关系,细菌先发生进化,通常在资源丰富的根际环境中,细菌的丰度高,进化的快;资源缺乏时,进化的会比较慢。细菌会通过表面受体修饰和CRISPR-Cas适应性免疫系统抵御噬菌体侵染。为了克服细菌的CRISPR抗性,噬菌体进化出抗CRISPR的蛋白(Acr)。同时不同的Acr类型也会对自然群落中噬菌体种群的进化动态和群落相互作用起到重要作用。

我认为对噬菌体与细菌之间关系的研究归根到底还是为了噬菌体疗法。通过阅读王孝芳师姐去年发表在Nature Biotechnology上的那篇文章,我对噬菌体疗法又有了更深一步的认识。师姐通过研究不同噬菌体组合对番茄青枯病的抗病效果,得出增加噬菌体丰富度可以大幅度降低番茄青枯病的发病率,可以运用特定的噬菌体组合来控制植物的一些病原菌。我想知道特定的噬菌体组合是不是根据土壤中不同的病原菌制定的,那这可能应用比较困难,一是噬菌体组合多种多样,找出到底哪些噬菌体组合更好比较麻烦,并且还有很多噬菌体没发现。二是不同的病原菌组合所应用的噬菌体可能不一样,不同的土壤病原菌组合又是不一样的。可能这些问题的提出是由于我了解不够全面,这需要我接下来进一步的学习。我觉得这项研究成果的得出,只是一个开始,噬菌体疗法的前景一片光明。

噬菌体疗法对土壤病原菌的影响

我希望

总之,在我的研究生阶段,我希望我的青春将会是一种热血的青春,所谓热血的青春,更多的是一种状态,面对新鲜事物的冲劲和努力。通过每周的报告发现研究生的学习与大学学习又是完全不同的概念,研究生的学习会更加枯燥,需要细节与严谨,还有毅力和坚持。

记得在《根际细菌群落与青枯君的故事》这篇文章中韦中老师说很多时候不在于结果,而在于有没有思考。顾少华师兄也曾说他感悟最深的是要多沟通,才能少走弯路。所以我觉得研究生期间常沟通勤思考真的特别重要。沟通是研究生与导师与其他人之间思想与知识的传递和反馈的过程,起着桥梁纽带的作用,思考与沟通是相辅相成的。总之我对我的未来充满希望,抓住现在,奔向内心的理想。

——文章来自2020级硕士研究生薄纯斌

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