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【SimpleITK】坐标次序问题

chestnut-- 2019-07-01 14:46:35

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分类专栏： 医疗影像处理 文章标签： SimpleITK MRI CT

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读取一个nii.gz文件：

import SimpleITK as sitkdata_path = 'example.nii.gz'data_1 = sitk.ReadImage(data_path)123

查看对象的大小size:

data_1.GetSize()1

(320, 260, 72)
三个值分别如何对应呢？

查看对象的Depth，Height， Width：

data_1.GetWidth(), data_1.GetHeight(), data_1.GetDepth()1

(320, 260, 72)

从对象中读取numpy数组，查看numpy大小

arr_1 = sitk.GetArrayFromImage(data_1)arr_1.shape12

(72, 260, 320)

在sitk对象中，GetSize()得到的是：[x, y, z] —> [width, height, depth]
而numpy中，shape为:[z, y, x] —> [depth, heitht, width]。

从arr中读取一个slice并显示：

plt.imshow(arr_1[36,:,:], cmap = 'gray')1