如何用R获取GEO样本信息

以GSE111229为例

方法一

1  下载并保存GEO数据

下载有error可以：设置镜像、翻墙、rm(list=ls（）)一下重试…

library(GEOquery)
GSE_name = 'GSE111229'
options( 'download.file.method.GEOquery' = 'libcurl' ) #windows系统
gset <- getGEO( GSE_name, getGPL = F )
save( gset, file = 'gset.Rdata' )

2  加载GEO数据

gset包含下载的所有信息

由于gset是列表，故将其转为可操作的数据结构Gset

load("gset.Rdata")
Gset <- gset[[1]]

3  用GEOquery里的pdata函数获取样本信息

看一下pdata的结构，很明显是数据框

pdata<-pData(Gset)
class(pdata)
View(pdata)

4  dim查看行列 colnames查看列名

dim(pdata)
colnames(pdata)

方法二

1.百度搜索GEO

2.进入sample

3.输入GEO号search一下，导出即可

4.获得csv文件，完成