学徒第一步：飞一般的SRA数据下载法
这个月的学徒了不得，已经初步完全掌握了GEO数据挖掘全部基础分析点，他的第一个投稿大家应该是还历历在目：不同的GSE数据集有不同的临床信息，不同的分组技巧
但这些只是最简单的R语言罢了，生信工程师的正餐是基于linux的NGS组学，同样的，我也引导学徒开启RNA-seq数据处理实战。但是他卡在了第一步下载文章测序数据，因为在中国大陆，我指点了一下解决方案，并委托他总结分享经验如下；
下面看学徒的表演（PS: 图片较多的推文，排版真的是吓死人！）
Jimmy大神怎么说过，只有多做、多错，才能真正的掌握。
下载SRA数据有三种方法
首选IBM的高速下载软件 Aspera Connect软件，体验飞一般的感觉。
其次是使用sratoolkit中的prefetch命令，如果不调用aspera，速度可以让你流泪。
最后是傻瓜式操作，一健下载zip，缺点也是下载速度慢。
最近在下载文章中的SRA数据中遇到各种报错，各种慢。后来在Jimmy大神的指导下终于成功高速下载数据了。
首先，一般都是在以下2个数据库下载数据：
SRA数据库: Sequence Read Archive：隶属NCBI (National Center for Biotechnology Information)，它是一个保存高通量测序原始数据以及比对信息和元数据 (metadata) 的数据库，所有已发表的文献中高通量测序数据基本都上传至此，方便其他研究者下载及再研究。其中的数据则是通过压缩后以.sra文件格式来保存的。
ENA数据库：European Nucleotide Archive：隶属EBI (European Bioinformatics Institute)，功能同SRA数据库，最方便的是可以直接下载fastq (.gz)文件，可以省去了一部分工作量。（推荐指数5颗星）
根据文章PHF5A Epigenetically Inhibits Apoptosis to Promote Breast Cancer Progression ，我要下载其中的SRR6974318。
url链接取自于文章https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA449418
prefetch批量下载
首先找到该项目的Accession List下载名为SRR_Acc_List.txt 的文件上传到云服务器
conda activate rna
cp ~/SRR_Acc_List.txt ~/1.sra_data/
#从SRA库或者ENA库里下载的SRR_Acc_List.txt
cat SRR_Acc_List.txt | while read id; do echo prefetch ${id} -O ~/1.sra_data/; done > prefetch.command
sh prefetch.command
如果没有自动调用asprea，建议别这么下，因为速度真的很感人。
aspera connect
用到IBM的高速下载器aspera
conda activate rna
wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.9.6/ibm-aspera-connect-3.9.6.173386-linux-g2.12-64.tar.gz#注意下载的版本，不同版本可能命令不一样，所以要多查看帮助文档
bash ibm-aspera-connect-3.9.6.173386-linux-g2.12-64.sh#安装
# 查看是否有.aspera的文件夹
cd ～ #去根目录
ls # 如果看到.aspera文件夹，代表安装成功
echo 'export PATH=~/.aspera/connect/bin:$PATH' >> ~/.bashrc#添加环境变量
source ~/.bashrc
# 查看帮助文档
ascp --help
mkdir tnbc #创建数据下载的文件夹
从ENA下载数据
EBI-ENA页面打开如下，然后按照流程操作
which ascp
## 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪里，很重要
/home/xlfang/.aspera/connect/bin/ascp #这是我的位置
ls -lh /home/xlfang/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh#这是我的openssh位置
ascp -QT -l 300m -P33001 -i /home/xlfang/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \
era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR697/008/SRR6974318/SRR6974318_1.fastq.gz ./
#记得换成自己的openssh地址和SRR编号
#era-fasp是aspera在ENA的用户名，fasp.sra.ebi.ac.uk是固定下载地址，需要记住。
# 另外uk后面是：冒号
我们这边5个人在用网，22M下载速度已经很满足了，正常的话应该再50M左右。飞一般的感觉🕶️。
傻瓜式下载
EBI-ENA页面打开如下，然后按照流程操作
一键下载，网速一般在200k-500k，速度较慢。如果你是老粉丝，学的比学徒快，建议看下面的目录：
生信技能树RNA相关教程节选
因为做目录确实很浪费时间，差不多就下面这些，大家先学习吧：